Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgctaccatttccatggcttcgagatttgcaattagttgttctatgcttcactatcggatgaactgccttcaatatgaagtacttgatgtatttccacagACCAGACGAGGCAGAGCTTTTTGAAAAGTCAGCACAAAATGCTTATGCATTGTTTCGTGATAAAGCAGCCATGTCGCGATCAATGAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G122843_T02
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G122843_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os02g49570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
tgctaccatttccatggcttcgagatttgcaattagttgttctatgcttcactatcggatgaactgccttcaatat----gaagtacttgatgtatttccacagACCAGACGAGGCAGAGCTTTTTGAAAAGTCAGCACAAAATGCTTATGCATTGTTTCGTGATAAAGCAGCCATGTCGCGATCAATGAGT
   | ||     |||||  | |  ||||   ||    | || | | |||  |  |  | | |  ||| |   || |    || |    | |  | ||   |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |
---ttcccaccacatggagt-gtcatttaagatggaatattattttcttaccagttagtttatatgcttcgcatgtttttgaggagtgtaacattttcttacagACCAGATGAGGCAGAACTTTTTGAAAAGTCAGCACAAAATGCTTATGCATTGTTTCGAGATAAAGCAGCCATGTCACGCTCAATGAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211407279|gb|FL347388.1|FL347388
EST:     TCCAAGGGTCGATATGCTGAGCTTAATGTTAATGATCAACGACCTTTAAG                         ACCAGACGAGGCAGAGCTTTTTGAAAAGTCAGCACAAAATGCTTATGCATT
genomic: TCCAAGGGTCGATATGCTGAGCTTAATGTTAATGATCAACGACCTTTAAGgtcagatgtt ... atttccacagACCAGACGAGGCAGAGCTTTTTGAAAAGTCAGCACAAAATGCTTATGCATT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttcactatcggatgaactgccttcaatatgaagtacttgatgtatttccacagACCAGACGAGGCAGAGCTTTTTGAAAAGTCAGCACAAAATGCTTATGCATTGTTTCGTGATAAAGCAGCCATGTCGCGATCAATGAGT
                                    acttgat  putative branch site (score: 5)
                                            tatttcc  CT-rich tract
                       ttcaatat  TA-rich tract