Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtcactgttgtatataactcctttgttttttaataagcgtatgacccgatattatttgtgttacactagaaacatacatgcatttctttattcttttctagagagaaaaaaataaaaaaaatgaggcatgcatagtaacttaccttaccgttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081682_T01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G081682_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
gtatgtgtcactgttgtatataactcctttgttttttaataagcgtatgacccgatattatttgtgttacactagaaacatacatgcatttctttattcttttctagagagaaaaaaataaaaaaaatgaggcatg-catagtaacttaccttaccgttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT
                                            |||||  |  ||    || |     | |  ||||   ||||  ||  ||  | |  ||  | ||     |    | | | | ||  |  ||  |||   ||     ||||    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
--------------------------------------------gtatgtgcgcatgcctttag-----ctcctgaaagtcacat-tatgcctgaaattcttgtttgatttcgatttgtgacatacataggatataacatttcaatg---cttatatatatggacagGTTGGGACACCGATCAGTTCCTTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT

upper sequence: GRMZM2G081682_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os07g47290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
gtatgtgtcactgttgtatataactcctttgttttttaataagcgtatgacccgatattatttgtgttacactagaaacatacatgcatttctttattcttttctagagagaaaaaaataaaaaaaatgaggcatg-catagtaacttaccttaccgttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT-----------------------------
                                            |||||  |  ||    || |     | |  ||||   ||||  ||  ||  | |  ||  | ||     |    | | | | ||  |  ||  |||   ||     ||||    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||                             
--------------------------------------------gtatgtgcgcatgcctttag-----ctcctgaaagtcacat-tatgcctgaaattcttgtttgatttcgatttgtgacatacataggatataacatttcaatg---cttatatatatggacagGTTGGGACACCGATCAGTTCCTTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATGTGAGTTGAATTAATAATATGTTGCCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211073602|gb|FL380705.1|FL380705
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|211046951|gb|FL455967.1|FL455967
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|26559536|gb|CA831771.1|CA831771
EST:     CACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: CACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|32916469|gb|CF021281.1|CF021281
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|6194746|gb|AW146850.1|AW146850
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|87155905|gb|DY400694.1|DY400694
EST:     ACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: ACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|211046948|gb|FL455964.1|FL455964
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|7145170|gb|AW506651.1|AW506651
EST:     GGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: GGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|32866939|gb|CF006621.1|CF006621
EST:     TCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|33104022|gb|CF063982.1|CF063982
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|74232803|gb|DT640717.1|DT640717
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|5846747|gb|AI999830.1|AI999830
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|60358930|gb|DN225903.1|DN225903
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|60398484|gb|DN231300.1|DN231300
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|211313620|gb|FL416741.1|FL416741
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|31250143|gb|CD219167.1|CD219167
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|76014001|gb|DT941171.1|DT941171
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|211371193|gb|FL385803.1|FL385803
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
EST: gi|211434578|gb|FL418942.1|FL418942
EST:     TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTG                         GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA
genomic: TAATGGGCTGCTTGGAAATATCGATGCAAACACTGGTGATCCTCAAGTTGgtatgtgtca ... ttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaaaataaaaaaaatgaggcatgcatagtaacttaccttaccgttatggacagGTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT
     aataaaaaaaatga  TA-rich tract