1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
gtaaggtatcttttatggtgaaatatttattgccaataattagactgctatctaaatgtcttatggtcatgattgcatgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGCTTTGAAAGGGGATCTAGTGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G047894_T01 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|78021557|gb|DV489944.1|DV489944
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: GATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|71428422|gb|DR809472.1|DR809472
genomic: GATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|32934739|gb|CF039551.1|CF039551
genomic: ATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|40335862|gb|CK369932.1|CK369932
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCNAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTEST: gi|71325384|gb|DR799369.1|DR799369
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCT
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|71311517|gb|DR792122.1|DR792122
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|5296286|gb|AI783056.1|AI783056
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|5846902|gb|AI999985.1|AI999985
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|32850672|gb|CD990353.1|CD990353
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCGTGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGEST: gi|60343346|gb|DN210319.1|DN210319
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
EST: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAAT TATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
genomic: ATCTGAAAGCATTTCTCTCTCTGATAACATTCATGATACATTCAAAAAATgtaaggtatc ... tgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATG
ccaataattagactgctatctaaatgtcttatggtcatgattgcatgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGCTTTGAAAGGGGATCTAGTGAG
atctaaa putative branch site (score: 3)
tatctaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaggtatcttttatggtgaaatatttattgccaataattagactgctatctaaatgtcttatggtcatgattgcatgcctagcagTATGGGTTGAGCACGGTGATGAGCTGAGCCTGGAGTATGCTGGCTCTTATGCTTTGAAAGGGGATCTAGTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG