Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatttgttattcgatgctgttaacaatcttgtttatttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G033619_T01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G033619_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os03g49420.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatt--tgttattcgatgctgttaacaatcttgtttatttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT
|||||  ||| || || | ||   | |  |  |  ||   |   | |  || |||| ||||||        || || ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
gtatgtgttgcatttacggtgagctaggctagttcatagctgaatatgttttgatgttgttaa--------ttcatatctgcagAGGCCCTGTCCAGACTATACAATGTAATCAAACATCCCAATGCGTTGGACTTGGATAATGCGATGGCATATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGGAAAAT

upper sequence: GRMZM2G033619_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA08G12120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatttgttattcgatgctgt-taacaatcttgtttatttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT
         ||| ||   |  |     | | |  || | |   | | |   ||  ||  ||||||  |  |   || || ||||||| || |  || ||| |   ||| ||| | ||||||||||| ||  |||  ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
---------gta-ctgcttgatccgttaataaactaggaaaaagctgtattatattgagtaacaagttgttggcttactgcagAGGCTCTTTTGAGGTTAAATGCTGTGATCCAGCATCCTAATGCTCTTCATTCAGATAATGTAATGGCATATGACAATGCCGTTTCCGCTCTGGGAAAAAT

upper sequence: GRMZM2G033619_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA05G28950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatttgttattcgatgctgt-taacaa--tcttgtttattt-ctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT
         ||| ||   |  |     |   |  || | |   | | | | ||  ||  ||||||  | |||||   || || ||||||| || || || ||| |   ||| ||| | ||||||||||| ||  |||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||
---------gta-ctgcttgatccattaacaaactaggaaaaagctgtactatattgagtaacaagttgttgttggcttactgcagAGGCTCTTTCGAGGTTAAATGCTGTGATCCAGCATCCTAATGCTCTTCATTCAGATAATGTAATGGCATATGACAATGCTGTTTCCGCTTTGGGAAAAAT

upper sequence: GRMZM2G033619_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA16G04400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatttgttattcgatgctgtt----aacaatcttgtttatttc--tacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT
   |   ||| | | ||    | |||   || |||   | |   ||| |  ||    ||     | ||   | | | ||    | ||||||| || || || ||| |   ||| || |  ||||| ||||| ||  |||  |||||   |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
--gttagttgca-caataccattttcttattttgttgtcgtgccttactatatatattttttggataaatgtttctgttctattgcagAGGCACTTTCAAGGTTAGATGCTGTGATAAGGCATCCAAATGCACTACATTCTGATAACATAATGGCATATGACAATGCTGTTTCAGCTCTTGGAAAAAT

upper sequence: GRMZM2G033619_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv06s0004g00500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatttgttattcgatgctg-ttaacaatctt--gtttatttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT
||||| | |   |  |  ||||     | |||  |   | |||| ||||      |   ||||| |  |  |||   || | ||||||| || || ||  || |    |||||    ||||||||||| ||| |    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||
gtatgttctacttgcacattgttgggaagttaattt--cttttgctattgtcctttaactaacagttcttagttgccttgttcagAGGCTCTTTCAAGGCTAAATGTCGTAATACGGCATCCTAATGCACTGCAACCAGATAATGTAATGGCATATGATAATGCTGTTTCTGCTCTAGGAAAAAT

upper sequence: GRMZM2G033619_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: Vv08s0007g07240.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
---gtatggtttgtatctatgttgtattcgattta--tgtatgcatttgttattcgatgctgttaacaatcttgttta---tttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT
   || |  ||   || |   | ||      | |   || ||   |   | ||  | ||   |  ||  |  | |||    ||||| ||||||| || |||||  |  |   |||||| | |||  ||||||| | |||||  ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||
gtagtttacttcccatgtgcatggttgcttgtctccttggattgctccttcataggttgtaatgtacttttgtatttggcttttctgcagAGGCTCTTTCCAGGCTGGATGTTGTAATAAGACACTCTAATGCACGGGATTCAGATAATGTAATGGCTTATGATAATGCTGTTTCCGCACTTGGAAAAAT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22491346|gb|BU051269.1|BU051269
EST:     TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGG                         AGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
genomic: TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGGgtatggtttg ... atttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
EST: gi|19351428|gb|BM895945.1|BM895945
EST:     TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGG                         AGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
genomic: TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGGgtatggtttg ... atttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
EST: gi|87151915|gb|DY396704.1|DY396704
EST:     TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGG                         AGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
genomic: TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGGgtatggtttg ... atttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
EST: gi|14203062|gb|BG836739.1|BG836739
EST:     GCCTCACACTGGGG                         A-GCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
genomic: GCCTCACACTGGGGgtatggtttg ... atttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
EST: gi|60401098|gb|DN233905.1|DN233905
EST:     TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGG                         AGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
genomic: TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGGgtatggtttg ... atttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
EST: gi|211177497|gb|FL246406.1|FL246406
EST:     TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTTTGCATTTAGGCCTCACACTGGGG                         AGGCCCTATCCAGATTATATAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT
genomic: TGGCATTTGTGCCGAATGTGGTGGTTCTGCATTTAGGCCTCACACTGGGGgtatggtttg ... atttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttatgtatgcatttgttattcgatgctgttaacaatcttgtttatttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT
                            tgttaac  putative branch site (score: 2)
                                     tcttgtttatttct  putative PPT
                                   aatcttgtttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatttgttattcgatgctgttaacaatcttgtttatttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT