1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
...ttcacatgatgttgtgttactgctactgtggcttctctatccttaagctattaaattgcatgagcaggaaatcctaactacctaaatggtatgggcctagGTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTCAAGAATCCTCAAGAAGGTCTCCTTGGTCAGCTGCCTCAACATACACGGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G870572_T01 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTTAATAGGCTTAACTGTCCGATTGTTCAGTCTGATATGGCTCTTAAG GTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTCEST: gi|29947216|gb|CB816540.1|CB816540
genomic: AAGTTAATAGGCTTAACTGTCCGATTGTTCAGTCTGATATGGCTCTTAAGgtacacaatt ... atgggcctagGTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTC
EST: AAGTTAATAGGCTTAACTGTCCGATTGTTCAGTCTGATATGGCTCTTAAG GTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTCEST: gi|71301572|gb|DR786840.1|DR786840
genomic: AAGTTAATAGGCTTAACTGTCCGATTGTTCAGTCTGATATGGCTCTTAAGgtacacaatt ... atgggcctagGTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTC
EST: AAGTTAATAGGCTTATCTGTCCGATTGTTCAGTCTGATATGGCTCTTAAG GTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTCEST: gi|148959669|gb|EE010942.2|EE010942
genomic: AAGTTAATAGGCTTAACTGTCCGATTGTTCAGTCTGATATGGCTCTTAAGgtacacaatt ... atgggcctagGTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTC
EST: AGTTAAATAGGTTTAACTGTCCGATTGTTCAGTTTGATATGGCTTTTAAG GTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTC
genomic: AGTT-AATAGGCTTAACTGTCCGATTGTTCAGTCTGATATGGCTCTTAAGgtacacaatt ... atgggcctagGTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTC
agctattaaattgcatgagcaggaaatcctaactacctaaatggtatgggcctagGTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTCAAGAATCCTCAAGAAGGTCTCCTTGGTCAGCTGCCTCAACATACACGGG
ttaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcacatgatgttgtgttactgctactgtggcttctctatccttaagctattaaattgcatgagcaggaaatcctaactacctaaatggtatgggcctagGTTCTTAATGAATTAAACGAAGGGATTTCTCGTTCAAGGAGACTTAACCTCAAGAATCCTCAAGAAGGTCTCCTTGGTCAGCTGCCTCAACATACACGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - tgatgtt
- - - - - - - tgttact
- - - - - - - - - - -gctactg
- - - - - - - - - - - - - - - gcttctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatga