Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaagactgaggagcatatgtttatgttgtatgtttttgtgattttagtgttatgcacttatgcttacccttttccacgtgcagGTCAGAAACATTGTTTCCTGGGAATGAAGTTACTATGATTTATCATGAAATAGCCAAGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G459702_T03
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G459702_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g56620.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtgaagactgaggagcatatgttt-atgttgtatgtttttgtgattttagtgttatgcacttatgcttacccttttccacgtgcagGTCAGAAACATTGTTTCCTGGGAATGAAGTTACTATGATTTATCATGAAATAGCCAAGAAG
        ||| ||||   | ||| ||||| |||| || | | |||  ||||||||||        ||||| |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||   ||||||||||||||||| | ||||
-------gtgatgagcgcttattttatgttttatgcttgtctaattcaagtgttatgc--------ttaccattttgcatttgcagTTCAGAAACATTGTTTCCTGGGAACGAAGTTGCTGGAATTTATCATGAAATAGCTATGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32944755|gb|CF049574.1|CF049574
EST:     TTATTGAAGGCAGTCTATTCGTTTGAGGATGTTGTTCTCCCTTTGCCTGG                         GTCAGAAACATTGTTTCCTGGGAATGAAGTTACTATGATTTATCATGAAAT
genomic: TTATTGAAGGCAGTCTATTCGTTTGAGGATGTTGTTCTCCCTTTGCCTGGgtgaagactg ... ccacgtgcagGTCAGAAACATTGTTTCCTGGGAATGAAGTTACTATGATTTATCATGAAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtttttgtgattttagtgttatgcacttatgcttacccttttccacgtgcagGTCAGAAACATTGTTTCCTGGGAATGAAGTTACTATGATTTATCATGAAATAGCCAAGAAG
                                tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                tgcttacccttttcc  CT-rich tract
          tgatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaagactgaggagcatatgtttatgttgtatgtttttgtgattttagtgttatgcacttatgcttacccttttccacgtgcagGTCAGAAACATTGTTTCCTGGGAATGAAGTTACTATGATTTATCATGAAATAGCCAAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG