1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaatttgctatctagtacttgagcatcgtttgtgtttttcacttatatgtatatatattttgtatataaggaggaataataaggatggttttgttccggctttagGCTATCAACAAAAGCTTGTCATGTTTAAGTGATGTCATCTTCTCGATTGCAAAGAAAGAGGAACACGTTCCATTTCGGAACTCAAAGCTGACATATCTGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G436981_T02 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCGCCTGAACAAAAGTGGTGCCACGGGTGATCGGTTGAAAGAGACAGTG GCTATCAACAAAAGCTTGTCATGTTTAAGTGATGTCATCTTCTCGATTGCAEST: gi|33097479|gb|CF057439.1|CF057439
genomic: AGCGCCTGAACAAAAGTGGTGCCACGGGTGATCGGTTGAAAGAGACAGTGgtaatttgct ... ccggctttagGCTATCAACAAAAGCTTGTCATGTTTAAGTGATGTCATCTTCTCGATTGCA
EST: GGCGCCTGAACAAAAGTGGTGCCACGGGTGATCGGTTGAAAGAGACAGTG GCTATCAACAAAAGCTTGTCATGTTTAAGTGATGTCATCTTCTCGATTGCA
genomic: AGCGCCTGAACAAAAGTGGTGCCACGGGTGATCGGTTGAAAGAGACAGTGgtaatttgct ... ccggctttagGCTATCAACAAAAGCTTGTCATGTTTAAGTGATGTCATCTTCTCGATTGCA
atatatattttgtatataaggaggaataataaggatggttttgttccggctttagGCTATCAACAAAAGCTTGTCATGTTTAAGTGATGTCATCTTCTCGATTGCAAAGAAAGAGGAACACGTTCCATTTCGGAACTCAAAGCTGACATATCTGC
ttttgttcc CT-rich tract
tattttgtatataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttgctatctagtacttgagcatcgtttgtgtttttcacttatatgtatatatattttgtatataaggaggaataataaggatggttttgttccggctttagGCTATCAACAAAAGCTTGTCATGTTTAAGTGATGTCATCTTCTCGATTGCAAAGAAAGAGGAACACGTTCCATTTCGGAACTCAAAGCTGACATATCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA