Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttatcctcttaatgtcattctgctgttgtttgcttgcatctattgtacctgcactgaaaatgtccttgtagATCATGGGGTTTCCTGTGTCCAGTTCATACACCTGACGGAGAGCCTTGTGGTTTACTGAATCACATGACTTCTACATGCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G388892_T02
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G388892_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os10g35290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
gtatgtttatcctcttaatgtcattctgctgttgtttgcttgcatctattgtacctgcactgaaaatgtccttgtagATCATGGGGTTTCCTGTGTCCAGTTCATACACCTGACGGAGAGCCTTGTGGTTTACTGAATCACATGACTTCTACATGCC
||||||| | |  | |  |  || | |  |||| ||  |||||  | ||  | | || |||||||||   | ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
gtatgttaaactacct--taccaatttattgttcttgtcttgctccgatattgcttgtactgaaaattatcatgtagGTCATGGGGTTTCCTCTGTCCTGTTCATACACCTGATGGAGAGCCTTGTGGTTTACTGAACCATATGACTTCCACATGCC

upper sequence: GRMZM2G388892_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: AT1G29940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
---------------gtatgtttatc---ctcttaatgtcattctgctgttgtttgcttgcatctattgtacctg--cactgaaaatgtc--cttgtagATCATGGGGTTTCCTGTGTCCAGTTCATACACCTGACGGAGAGCCTTGTGGTTTACTGAATCACATGACTTCTACATGCC
                | |   | ||   | ||  ||||  |  ||||||       ||| |    |   |  |   | ||   | |||   |||||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||| |||   |||||||| ||||||||||| ||||||  |||  |||
gtaggttctttcactttttacctgtcaaacactacatgtgctgatgctgtcccaaaattgtagtcttcacatttttcctcttttattgttatcttgtagATCTTGGGGTTTTCTTTGCCCTGTTCACACTCCTGATGGAACACCTTGTGGATTACTGAATCATATGACTCGTACTAGCC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attctgctgttgtttgcttgcatctattgtacctgcactgaaaatgtccttgtagATCATGGGGTTTCCTGTGTCCAGTTCATACACCTGACGGAGAGCCTTGTGGTTTACTGAATCACATGACTTCTACATGCC
                                            tgtcctt  CT-rich tract
                     atctatt  TA-rich tract