Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtcagttttgtttcttctgaaaaaatggatacagatgtggaacctatgccaaaataatgacccgtgcaactgtatatgttcagTCTTTTGTCATTACCTTCTCGTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGCTCATGATGTCTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G160504_T02
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G160504_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os05g49260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
--gtatgtgtcagttttgtttcttctgaaaaaatggatacagatgtggaacctatgccaaaataatgacccgtgcaactgtatatgttcagTCTTTTGTCATTACCTTCTCGTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGCTCATGATGTCTGAG
   | | ||||||||       ||||    |||     |  | |    ||||| ||||  || | | |||   |  ||| ||    ||||| ||| | |||| ||||| || || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||
gtatgtctgtcagttaaaccatttcttttgaaa-----attgctccaaaacctctgccggaaaatttacctcggtcact-tac---ttcagGCTTATATCATCACCTTTTCCTTCGGCATGGGTGCCATTCCATGGGTCATGATGTCTGAG

upper sequence: GRMZM2G160504_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtatgtgtc----agttttgtttcttctgaaaaaatggat-acagatgtggaacctatgcca--aaataatgacccgtgcaactgtatatgttcagTCTTTTGTCATTACCTTCTCGTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGCTCATGATGTCTGAG
||||||  |      | ||||||  ||| |||| ||| || ||| || ||||| || || ||  ||||  |||| ||| ||  |       || || ||||||| ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacactt-----catttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacagatgtggaacctatgccaaaataatgacccgtgcaactgtatatgttcagTCTTTTGTCATTACCTTCTCGTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGCTCATGATGTCTGAG
                      aaaataatga  TA-rich tract