Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctgtcaattgcgtttcagcagaacatttctttttacatgtagaatctgtgcagtaagtttcttctcaaatacttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G160460_T02
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G160460_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os05g49270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtaagtctgtca--attgcgtttcagcagaacat-ttctttttacatgtagaatctgtg-cagtaagtttcttctcaaatacttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG
||| |||  |||  ||   ||||   |  || || | | |   | || | ||| ||||| ||| || | |   |||  | ||||| || |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
gtatgtccctcattatgttgttttctctaaaaatatgcatcacaaatatggaagctgtgacagaaaatgttgactcgtacacttcatttagGCTTTTGTAATCGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATAATGTCAGAG

upper sequence: GRMZM2G160460_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os05g49260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtaagtctgtcaattg---cgtttcagcagaacatttctttttacatgtagaatctgtgcagtaagtttcttctcaaatacttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG
||| |||||||| ||    | ||||    ||| ||| ||          | || || ||| | ||  ||   |||    ||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||
gtatgtctgtcagttaaaccatttcttttgaaaattgctcc--------aaaacctctgccggaaaatttacctcggtcacttacttcagGCTTATATCATCACCTTTTCCTTCGGCATGGGTGCCATTCCATGGGTCATGATGTCTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78105585|gb|DV524003.1|DV524003
EST:     ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
EST: gi|32837362|gb|CD977040.1|CD977040
EST:     ACTCTGACCTGTATGACATCTTAAGTATGGAGTCCTTGGTTGGAGTCGAG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
EST: gi|60400681|gb|DN233488.1|DN233488
EST:     ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
EST: gi|32839330|gb|CD979011.1|CD979011
EST:     ACTCTGACCTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
EST: gi|60350213|gb|DN217186.1|DN217186
EST:     ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
EST: gi|32838171|gb|CD977849.1|CD977849
EST:     ACTCTGACCTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
EST: gi|60344421|gb|DN211394.1|DN211394
EST:     ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
EST: gi|78121863|gb|DV540247.1|DV540247
EST:     ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 46

GATAATATTTCACATGACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 128

GATAATATTTCACATGACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 169

GATAATATTTCACATGACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 90

GATAATATTTCACATGACTCTGACTTGTATGACATCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... cttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctttttacatgtagaatctgtgcagtaagtttcttctcaaatacttcgttcagGCTTATGTCATTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTGCCATTCCTTGGATCATAATGTCTGAG
                                             cttcgttc  CT-rich tract
                                        aaatactt  TA-rich tract