Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatcctgatacctatttcaaccgaaaggacttcttactctgtttcgtggttataactgaacgttatgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAATGTGTTTCCCAAAATACATGATGCCGATCTAGACAAGATTAGCCATGTTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G139894_T02
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G139894_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os11g29380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtatgtatcctg-atacctatttcaaccgaaaggacttcttactctgtttcgtggttat-aactgaacgttatgttgtc-agGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAATGTGTTTCCCAAAATACATGATGCCGATCTAGACAAGATTAGCCATGTTT
||| | | |||   ||| |    |||| ||||    || |||||   |||| | ||| | |||  ||   ||| || |  || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||
gtacgaaccctttgtacttcgcacaacagaaacatttttttactaaatttcattgtttttaacaaaatcctatattttttagATCCTTTCTCAAGACATGCTGAAGAAGTACATAACTTATGCCAAGTTGAACGTGTTTCCCAAAATTCATGATGCTGACCTGGACAAGATTAGCCATGTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211172446|gb|FL130947.1|FL130947
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32932509|gb|CF037321.1|CF037321
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCCTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|33093214|gb|CF053208.1|CF053208
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|18450516|gb|BM428794.1|BM428794
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACATATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|18659890|gb|BM500576.1|BM500576
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACATATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174115|gb|FL130952.1|FL130952
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174124|gb|FL130961.1|FL130961
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTNCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAAATACATAACCTATGCTAAG
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAA-TACATAACCTATGCTAAG
EST: gi|32943927|gb|CF048746.1|CF048746
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174121|gb|FL130958.1|FL130958
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGARATACATAASCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174118|gb|FL130955.1|FL130955
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32931979|gb|CF036791.1|CF036791
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174117|gb|FL130954.1|FL130954
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32934497|gb|CF039309.1|CF039309
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211172447|gb|FL130948.1|FL130948
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|18450515|gb|BM428793.1|BM428793
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACATATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32932452|gb|CF037264.1|CF037264
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32932490|gb|CF037302.1|CF037302
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174120|gb|FL130957.1|FL130957
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32911609|gb|CF016421.1|CF016421
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCGTGAAGAAATACATGACCTATGCTAAGCTGAA
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGC-TGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAA
EST: gi|211172449|gb|FL130950.1|FL130950
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accgaaaggacttcttactctgtttcgtggttataactgaacgttatgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAATGTGTTTCCCAAAATACATGATGCCGATCTAGACAAGATTAGCCATGTTT
                              ttataac  putative branch site (score: 2)
                              ttataact  TA-rich tract