1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
gtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G109383_T02 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|29130007|gb|CB380711.1|CB380711
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: CACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|7216825|gb|AW562947.1|AW562947
genomic: CACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|120480298|gb|EH210799.1|EH210799
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|149109220|gb|EE293196.2|EE293196
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|18167299|gb|BM337138.1|BM337138
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|20508129|gb|BQ279907.1|BQ279907
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTGEST: gi|12970130|gb|BG266829.1|BG266829
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTGEST: gi|67018536|gb|CO447285.1|CO447285
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGNGCTGCTAAGGAGCT-ATGGCANACCTAGTA-GCATGEST: gi|67025110|gb|CO453859.1|CO453859
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|211541125|gb|FL006426.1|FL006426
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|31363628|gb|CD447985.1|CD447985
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AAATGT-GATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCCTAGTA-GCAEST: gi|12046898|gb|BF729037.1|BF729037
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAA-TGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACC-TAGTAAGCA
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|78180558|gb|DV551051.1|DV551051
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|213170007|gb|FM188153.1|FM188153
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|67024524|gb|CO453273.1|CO453273
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|32838974|gb|CD978655.1|CD978655
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|211341565|gb|FL066571.1|FL066571
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: ACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|60401463|gb|DN234270.1|DN234270
genomic: ACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: CCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|32909657|gb|CF014469.1|CF014469
genomic: CCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|149013082|gb|EE042781.2|EE042781
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|24768906|gb|CA404035.1|CA404035
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: GCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|32910896|gb|CF015708.1|CF015708
genomic: GCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCEST: gi|67022599|gb|CO451348.1|CO451348
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGC
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AAATGT-GATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATEST: gi|19769724|gb|BQ034445.1|BQ034445
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAA-TGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCAT
EST: GGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTGEST: gi|67014425|gb|CO443174.1|CO443174
genomic: GGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|26456763|gb|CA828346.1|CA828346
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTGEST: gi|5296227|gb|AI782907.1|AI782907
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: ATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGGCA-GGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATEST: gi|31354675|gb|CD439032.1|CD439032
genomic: ATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGAT-GCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCAT
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|31356718|gb|CD441075.1|CD441075
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGEST: gi|148974650|gb|EE025448.2|EE025448
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
tgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA
ttctaaa putative branch site (score: 2)
tttttttttttgt putative PPT
acaagttttttttttt TA-rich tract