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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattccttccttgctatctttaacattgtttgctagcaatactttctagtagacagctaatgctggggtcttgatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTCCTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G085747_T01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G085747_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os10g35960.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtaattccttcct--tgctatctttaacattgtttgctagcaatactttc-tagtagacagctaatgctggggtcttgatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTCCTGG
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gtatgccctatttaacattctctatatcatttcattttgctagcacttttgcataagaccacttattttataatgtggttgtcccagGCAATGGTAGACAAGGGTACGCTAATCAAGCAAACAATATGTATCTGTTTCCTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32933889|gb|CF038701.1|CF038701
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|71758667|gb|DR956604.1|DR956604
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|166415741|gb|EG211422.1|EG211422
EST:     GATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATTCAAGCAAACAACATGTATCTATTT
genomic: GATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAAT-CAAGCAAACAACATGTATCTATTT
EST: gi|74232917|gb|DT640831.1|DT640831
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|76919652|gb|DV167818.1|DV167818
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|40303330|gb|CK347717.1|CK347717
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|211281987|gb|FL018040.1|FL018040
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|74232916|gb|DT640830.1|DT640830
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|26456270|gb|CA827853.1|CA827853
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|78544875|gb|DV622373.1|DV622373
EST:     AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|22819546|gb|BU499636.1|BU499636
EST:     AGATAAAGCGATATT-GCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGATAAAGCGATATTTGCTAGTGGAAGCCCTTTTAGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
EST: gi|30032196|gb|CB834047.1|CB834047
EST:     AGTAATGTTTCTTTAG                         GAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC
genomic: AGTAATGTTTCTTTAGgtaattcctt ... gatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgctagcaatactttctagtagacagctaatgctggggtcttgatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTCCTGG
                                               tttctt  CT-rich tract
          aatacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaattccttccttgctatctttaacattgtttgctagcaatactttctagtagacagctaatgctggggtcttgatttcttagGAAATGGTAAATCTGGTTATGCTAATCAAGCAAACAACATGTATCTATTTCCTGG

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