Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcaccaaacaaatgcacaaatggcaagttttttttaatcatctgtgaatcgtcatctaataatcaattttataatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGATACCGACCTTACTGAACGTGTCCATTGTCAGTGATGTTCTAGTTTACCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060977_T05
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32793486|gb|CD945722.1|CD945722
EST:     GATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: GATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|211495481|gb|FL464081.1|FL464081
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|78107953|gb|DV526371.1|DV526371
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTTTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGGGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60352542|gb|DN219515.1|DN219515
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|148949106|gb|EC894535.2|EC894535
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|149076356|gb|EE164973.2|EE164973
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|6538840|gb|AW224979.1|AW224979
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|149085023|gb|EE174532.2|EE174532
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTTTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|113702665|gb|EE680169.1|EE680169
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|9730867|gb|BE509619.1|BE509619
EST:     ATGGTTCAATGAGATCCTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|37395454|gb|CF635007.1|CF635007
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|33101470|gb|CF061430.1|CF061430
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|166636346|gb|EG278815.1|EG278815
EST:     CTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGACCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCG
genomic: CTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGG-CCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCG
EST: gi|6865075|gb|AW360425.1|AW360425
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60342148|gb|DN209121.1|DN209121
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60342166|gb|DN209139.1|DN209139
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|88746930|gb|DY531071.1|DY531071
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGGGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|148942651|gb|EC887670.2|EC887670
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTTTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60397921|gb|DN230737.1|DN230737
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|211424816|gb|FL445164.1|FL445164
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|32805940|gb|CD958174.1|CD958174
EST:     GATCTCTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: GATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|211138006|gb|FL213711.1|FL213711
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|37397094|gb|CF635842.1|CF635842
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|32864876|gb|CF004558.1|CF004558
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|40336792|gb|CK370862.1|CK370862
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttaatcatctgtgaatcgtcatctaataatcaattttataatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGATACCGACCTTACTGAACGTGTCCATTGTCAGTGATGTTCTAGTTTACCT
                          atctaat  putative branch site (score: 3)
                          atctaataatcaattt  TA-rich tract