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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataacgtgattggtagtataatcagtagctgatgtgactgtcgataagggccaggtgggttggaaccagcctaacaattaaatcttctcttaacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGTCAAGAAAAATAGTGGCACAGTACACATATTTTCCTCGATGCATGTCTCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044011_T01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67018038|gb|CO446787.1|CO446787
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|211495349|gb|FL234479.1|FL234479
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|91048656|gb|EB159074.1|EB159074
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|67018605|gb|CO447354.1|CO447354
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|67024357|gb|CO453106.1|CO453106
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|40303701|gb|CK348088.1|CK348088
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|71763506|gb|DR961443.1|DR961443
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|74236267|gb|DT644181.1|DT644181
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|211359052|gb|FL430699.1|FL430699
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|71442136|gb|DR823186.1|DR823186
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|50333168|gb|CO528294.1|CO528294
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|67021632|gb|CO450381.1|CO450381
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|71302744|gb|DR787484.1|DR787484
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
EST: gi|76016282|gb|DT943452.1|DT943452
EST:     CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG                         GAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT
genomic: CTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgct ... taacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagggccaggtgggttggaaccagcctaacaattaaatcttctcttaacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGTCAAGAAAAATAGTGGCACAGTACACATATTTTCCTCGATGCATGTCTCG
                                          tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                     tcttctcttaactt  CT-rich tract
                          taacaattaaatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ataacgtgattggtagtataatcagtagctgatgtgactgtcgataagggccaggtgggttggaaccagcctaacaattaaatcttctcttaacttgtagGAACGCTGACATTGCTACGAGGCAAAGGTACGTGAAGTTGGTTGAAGATGTCAAGAAAAATAGTGGCACAGTACACATATTTTCCTCGATGCATGTCTCG

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