Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagcttctaatattttgccatcactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G037698_T02
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os10g32880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagc-ttctaatat-tttgccatcactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG
||||| | | | || || |||| | |||| | ||| ||| |||| |||| | | ||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | || || ||||| ||||| |||||||||||| |||
gtatgaatctctccatagtgcaatctgcaaaatgttgaatttcttttttattctgatatatgtatcatcactgtacagACTGCTGCTCTCGATGGAGTCAAGCTTTGGGATCTTCGAAAATTAAGAAACTTTAGGACGATATCACCTTATGACTCAGACACGCCAACAAATTCTG

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA20G21330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgttta---gcttctaatattttgccatca--ctttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG
||| | ||| ||| | | | | ||| | | | ||||||| | | |||| | | | | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | | || || |||| || |||| |||||||| || || ||||| | | |
----gtatgtgaga-aaatgtaactagtaaagtatgatgattgtttatacagtattcttattgtactcttaaatttgacagACTGCTGCTCATGATGGTGTTAAGCTTTGGGATCTACGTAAACTGAAGAACTTCAGGAATTTTGCTCCATATGATTCGGAAACACCAACGAGCTCCG

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA10G26870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagc--ttctaatattttgccatcactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG
||||| || | || || | | | || | ||| | || || |||| | | | | | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| | || || |||| || |||| ||||||||||| || || || | | |
gtatgcaaga-aaatgtaacgagtaagtatgatgattgttttatacagtatttttaattgtattcttaaattctacagACTGCTGCTCATGATGGTGTTAAGCTTTGGGATCTACGTAAATTGAAGAACTTCAGGAATTTTGCTCCATATGATTCAGAAACACCGACGAGCTCCG

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv05s0049g01840.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
gtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagcttctaatattttgccatcact--ttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG
|||||| ||| | || ||| | |||| | |||| || |||| | | || ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||| ||||||| | || ||||||||| |||| ||||||| |||
gtatgtgttttcctaattagaagtgtatatgtgaggaagtgacatacatttctgattttttatgcttgatgtttttagACTGCAGCTCATGATGGTGTTAAGCTGTGGGATCTACGAAAATTGAGGAATTTCCGGACCTTTACACCATATGATTCAAATACAGCAACAAACTCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6022161|gb|AW067089.1|AW067089
EST:     AATGG-TAC-TCCTAGCG                         -CTGCTGCTCATGATGGTG-NAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: AATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|211125233|gb|FL005606.1|FL005606
EST:     TAGGANCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTC
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTC
EST: gi|32908360|gb|CF013173.1|CF013173
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32934237|gb|CF039049.1|CF039049
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|20811259|gb|BQ295737.1|BQ295737
EST:     ACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGG-GTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: ACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|24764727|gb|CA399890.1|CA399890
EST:     AAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: AAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|33090853|gb|CF050847.1|CF050847
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTGTGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32933281|gb|CF038093.1|CF038093
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32837457|gb|CD977135.1|CD977135
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|60341462|gb|DN208435.1|DN208435
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|5607968|gb|AI901635.1|AI901635
EST:     CCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: CCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32936163|gb|CF040975.1|CF040975
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|33103734|gb|CF063694.1|CF063694
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 251

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 79

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 66

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 110

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtgcacagtgttaagtttgtttagcttctaatattttgccatcactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG
                            ttctaat  putative branch site (score: 110)
 tcacttt  putative PPT
 ttctaatatttt  TA-rich tract