Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G023289_T03
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaata---cattagtttgtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA
    | | ||      | ||      | ||| |||||   |  | | |    |    | ||| ||||  |   ||||  ||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||
---gtactttacacaaatattcaatgtacatttatgtgt-atgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71426274|gb|DR807324.1|DR807324
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|5296174|gb|AI782854.1|AI782854
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211541121|gb|FL006422.1|FL006422
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32906153|gb|CF010966.1|CF010966
EST:     GCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: GCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|78024768|gb|DV493155.1|DV493155
EST:     GGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: GGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|31357336|gb|CD441693.1|CD441693
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGCCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|67020139|gb|CO448888.1|CO448888
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32914018|gb|CF018830.1|CF018830
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211190026|gb|FL186116.1|FL186116
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|149060808|gb|EE157260.2|EE157260
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|44900765|gb|CK827310.1|CK827310
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 286

GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 279

GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 257

GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 461

GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA
                           ttctaaa  putative branch site (score: 461)
                                          tttgttt  putative PPT
                 atatatatcattctaa  TA-rich tract