Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G023289_T01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaata---cattagtttgtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA
    | | ||      | ||      | ||| |||||   |  | | |    |    | ||| ||||  |   ||||  ||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||
---gtactttacacaaatattcaatgtacatttatgtgt-atgtatatacatttggcaacatgctaaccatgccatttttttcttcctgaagAATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71426274|gb|DR807324.1|DR807324
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|5296174|gb|AI782854.1|AI782854
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211541121|gb|FL006422.1|FL006422
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32906153|gb|CF010966.1|CF010966
EST:     GCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: GCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|78024768|gb|DV493155.1|DV493155
EST:     GGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: GGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|31357336|gb|CD441693.1|CD441693
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGCCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|67020139|gb|CO448888.1|CO448888
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32914018|gb|CF018830.1|CF018830
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211190026|gb|FL186116.1|FL186116
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|149060808|gb|EE157260.2|EE157260
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|44900765|gb|CK827310.1|CK827310
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAA
                           ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                                          tttgttt  putative PPT
                 atatatatcattctaa  TA-rich tract