Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtagatctcccctatgtaagataccaaagacgatagtctgcagcaacttacacgttgtcatgtattaccaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTACCAAATCGTGACAACAAGCGCCTCTCATACAATTTTGTGGCAGGAACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G020721_T01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G020721_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g19970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtatgtagatctcccctatgtaagataccaaagacgatagtctgcag-caacttacacgttgtcatgtattaccaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTACCAAATCGTGACAACAAGCGCCTCTCATACAATTTTGTGGCAGGAACAG
||| |||||||| |||| ||  |  |   | ||   | |   | ||| |||| | |   | || ||   |||   |  ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| | |||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |
gtaagtagatcttccctgtg--actttgaagagtttagaccttacaggcaacctgcttat-gttataacttattcctacagGTCTCCCATAGGCTATTTGAGTTGACTAACACCTTGAAGATCGCATTTGTGCCTAGTCGTGACAACAAGCGCCTCTCGTACAATTTTGTGGCGGGAATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|94472577|gb|EB701535.1|EB701535
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5325022|gb|AI783213.1|AI783213
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5895688|gb|AW036934.1|AW036934
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGA
EST: gi|5901242|gb|AW042342.1|AW042342
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5847179|gb|AW000258.1|AW000258
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5770139|gb|AI973313.1|AI973313
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|76933472|gb|DV173475.1|DV173475
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5525696|gb|AI861589.1|AI861589
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|148982689|gb|EE028500.2|EE028500
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|6227096|gb|AW155800.1|AW155800
EST:     AATTATCCACTTGCTCAATTTCATGCTGACTTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: AATTATCCACT-GCTCAATTTCATGCTGACT-ACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5895689|gb|AW036935.1|AW036935
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|86473236|gb|DY239606.1|DY239606
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|71762483|gb|DR960420.1|DR960420
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTGGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5343255|gb|AI795560.1|AI795560
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|32936459|gb|CF041278.1|CF041278
EST:     AAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGNTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGC
genomic: AAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATG-TTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGT
EST: gi|5847117|gb|AW000196.1|AW000196
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5455799|gb|AI833489.1|AI833489
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taccaaagacgatagtctgcagcaacttacacgttgtcatgtattaccaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTACCAAATCGTGACAACAAGCGCCTCTCATACAATTTTGTGGCAGGAACAG
                       aacttac  putative branch site (score: 2)
                                      atgtatta  TA-rich tract