Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacctgctccctgttcttatgtcttctgacgttctctgctcctatgtcttatgttttcctacctaaacactttattttctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript AC235535.1_FGT001
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AC235535.1_FGT001 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os05g05780.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtatgtacctgctccctgttcttat----gtcttctgacgttctctgctcctatgtcttatgttttcctacctaaacactttatt-----ttctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG
 | || ||    |     |||  |      ||  |  | |      |     || |   |||| ||| |||| |     || |||     || |  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||
-tctgcacaaattaatgtttcccaaaaaaatcaccacatggctctagtgtacatatggaatgtattcttaccaagcttattcattcatgttttttctgcagCTGCTGAACTGTATGATTTTGATGATGATAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32929959|gb|CF034771.1|CF034771
EST:     AAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATA                         ATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG
genomic: AAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATAgtatgtacct ... tctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG
EST: gi|211502860|gb|FK981747.1|FK981747
EST:     AATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATA                         ATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG
genomic: AATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATAgtatgtacct ... tctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG
EST: gi|33094019|gb|CF054013.1|CF054013
EST:     AAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATA                         ATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG
genomic: AAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATAgtatgtacct ... tctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 395

ATTGACCGTATTATAGCTAAAGGAGAGGAGACAACAGCTGAACTTGATGCAAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATAgtatgtacct ... tctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 213

ATTGACCGTATTATAGCTAAAGGAGAGGAGACAACAGCTGAACTTGATGCAAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATAgtatgtacct ... tctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 224

ATTGACCGTATTATAGCTAAAGGAGAGGAGACAACAGCTGAACTTGATGCAAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATAgtatgtacct ... tctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 213

ATTGACCGTATTATAGCTAAAGGAGAGGAGACAACAGCTGAACTTGATGCAAAAATGAAAAAGTTCACAGAGGACGCCATTAAATTTAAGATGGATGATAgtatgtacct ... tctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctctgctcctatgtcttatgttttcctacctaaacactttattttctgatgcagATGCCGAACTGTATGATTTTGATGATGAGAAG
                                            ttctgat  putative branch site (score: 213)
                                     ctttattttct  CT-rich tract
                               taaacactttatttt  TA-rich tract