Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttcagtttcttctgttcttttcatatgtccttcctagctatttaggcaatgtttgaaatcgttactacatattgattctgatgctacattttttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGAAGAGCGCATGCCTGTATATGATGTTTAAACCTCACTAACTCAGCTTAAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G704032_T01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G704032_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os03g49900.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
gtatgtttcagtttcttctgttcttttcatatgtccttcctagctatttaggcaatgtttgaaatcgttactacatattgattctgatgctacattttttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGAAGAGCGCATGCCTGTATATGATGTTTAAACCTCACTAACTCAGCTTAAC
                   ||   ||||   |  | |    ||| | || ||      || | ||  | | |    | |||   |  || |     || |||  |||  ||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | |||
-------------------gtatgtttccagtcacttgttaagccactttggatgctctt-acatgttgatttggaactgacagttttgttgatggttctgtgatagGACTTGTTCTGATAAGTGCAAGAAATGTCCAATCTGCCGTGTGCCCATTGAAGAACGCATGCCCGTATATGATGTTTAAACTTCGCTAACTCAGATGAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71761132|gb|DR959069.1|DR959069
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|149000343|gb|EE037503.2|EE037503
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|149107037|gb|EE188931.2|EE188931
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|6022166|gb|AW067094.1|AW067094
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|161587808|gb|EY961735.1|EY961735
EST:     CGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: CGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|110944040|gb|EE164197.1|EE164197
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATTTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|78023713|gb|DV492100.1|DV492100
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|18659625|gb|BM500436.1|BM500436
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|149083045|gb|EE172299.2|EE172299
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|148975093|gb|EE025660.2|EE025660
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGTTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGTTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCATTCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
EST: gi|60356237|gb|DN223210.1|DN223210
EST:     GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAA                         ATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA
genomic: GGGGAGATATGCATGGTGCTACTTCCCTGCCGGCACAGAACTTTATGCAAgtatgtttca ... tttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatgtttgaaatcgttactacatattgattctgatgctacattttttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGAAGAGCGCATGCCTGTATATGATGTTTAAACCTCACTAACTCAGCTTAAC
                             ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                        catttttt  putative PPT
                                      tacattttttgtatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttcagtttcttctgttcttttcatatgtccttcctagctatttaggcaatgtttgaaatcgttactacatattgattctgatgctacattttttgtattagATCTTGTGCTGAGAAATGCAAGAAGTGTCCAATCTGCCGTGTGCCAATTGAAGAGCGCATGCCTGTATATGATGTTTAAACCTCACTAACTCAGCTTAAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT