Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatacattgccaaacttaatcagttgcttatgctacttacctagcttaagtgataaatacaaatgatgatgttttacttattaacaaattatatttcagGTTGGAGTTGGTATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTTATGTCAGAAATGGCCTTCCATCACAGACAAGTTGATCTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G443903_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G443903_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os04g55730.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtatacattgccaaacttaatcagttgcttatgctacttacctagcttaagtgataaatacaaatgatgatgttttacttatt-aacaaattatatttca-gGTTGGAGTTGGTATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTTATGTCAGAAATGGCCTTCCATCACAGACAAGTTGATCTTCAG
|| |    |   ||  |     |     |||||  |  | | |||  |   |  ||| |     |  |  | |   |   ||| ||| | || | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||
gtttcttctagtaagttagcatatagaattatgacatatgc-tagtctttttactaagt-tgtttttttttataaaaaaaattgaactacttgtgtttgaagGTTGGAGTTGGCATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTGATGTCGGAAATGGCCTTTCATCACAGACAAGTGGATCTACAG

upper sequence: GRMZM2G443903_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA06G19800.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtatacattgccaaacttaatcagttgcttatgctacttacctagcttaagtgataaatacaaatgatgatgttttacttattaacaaattatatttcagGTTGGAGTTGGTATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTTATGTCAGAAATGGCCTTCCATCACAGACAAGTTGATCTTCAG
                                |  | |   |||  | |  |  || |    |||  | || | |||| ||||     ||| | |   ||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || || ||||   |||||||| || ||
--------------------------------gtcattctgctaa-taattttttatactttaatacttat-tgttacctatt---tgattttgtga-agGTTGGAGTTGGAATGTCTATGGAAGGTATAGAACAGAATCCCATTGTCTATGATTTGATGTCAGAAATGGCATTTCAGCACAAGAAAGTTGATGTTAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttaagtgataaatacaaatgatgatgttttacttattaacaaattatatttcagGTTGGAGTTGGTATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTTATGTCAGAAATGGCCTTCCATCACAGACAAGTTGATCTTCAG
                                  tattaac  putative branch site (score: 1)
                aaatgatgatgtttta  TA-rich tract