Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagttattcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G416120_T01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagttat-tcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                               |  ||    ||||    | | ||   ||||  | | |    ||    ||| |   ||| ||||     ||   || |    |  |  |||   |||||||      | ||   ||  |||    || ||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
-------------------------------gtatgcagttgctccacttcagtag-atttctttcaatatgttttccttgtaat-gtacttgttcagtttgcatctttgcattattatgcccaagtatgctgacatgacatctttgcattaca-atacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGACTGCTAACTTTGATCAAAAGATTGGTGTACAAATCATTCAGAATGCTTT

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA10G33680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagttattcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                                                                      ||||  |   |||   | | |||| |   ||| | || |||   |||||  ||| |         | |  || | |  |  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| | |||||| | || || || || |||||||| ||||| || || || ||||| || ||||||||
-------------------------------------------------------------------gtagattatta--gcactggcagttgtat-gcttagttctaattctatgttgt-tcaatc------aaatttgatgtgttgtgctttgtgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCAAGTGAGTTGGATAAGCTTCAAACTGCTAACTTTGATCAAAAGATAGGGGTCCAGATCATCCAAAATGCTTT

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA20G33910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagttattcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                                                                      ||||  |   |||   | | |||| |   | | | || |||    || |  ||| |         | |  || | |  |  | |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||| | || || || || |||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||||
-------------------------------------------------------------------gtagattatta--gcacttgcagttgtat-gctgagttctaattctacgtcgt-tcaatc------aaatttgatgtgttgtgctttgcgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTTTATGCATCGAGTGAGTTGGATAAGCTTCAAACTGCCAACTTTGATCAAAAGATAGGTGTCCAGATCATCCAAAATGCTTT

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA20G19980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagtt--attcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                                                                               |  |  |  |  | |   ||||  ||   |  |||     | |   | |  |  | |   | ||| | |  | |    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||  | || || || || || | ||| ||||||||||| || || || || ||||||||
------------------------------------------------------------------------------gtaaaatatcaactctaacagttcaatggttagttttacaat-ctcaaatcagatccgactttaatttgttctcgcac-tgtagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTATATGCATCGAGAGAGTTGGATAAACTTCAAACTGCTAACTTCGGTCAAAAGATTGGTGTCCAGATTATCCAAAATGCTTT

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA10G25630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagttattcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                                                                            |     |||| |  |  |  |    ||   |  |||     |     |  |   |||    | ||| | |  | |  | |||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||| | |||||  | || || || || |||||||||||||||||||| || || || || ||||||||
---------------------------------------------------------------------------gtaaaatatcaatgctaatagtt-caatggttagttttacaatctcaaatcagatccgactat-aatttgttctcgcat-tgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTATATGCGTCAAAAGAGTTGGATAAACTTCAAACTGCTAACTTTGATCAGAAGATTGGTGTCCAGATTATCCAAAATGCTTT

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: AT2G33210.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagttattcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtca-atctttaattgtgtat-gcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                                                    || | || |   || | |         |  | ||  |||||  | | |   |   ||       |||||| || |     | || | | ||   |   |||||||  |||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || || || ||| |    ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||  |
----------------------------------------------------gtataatctatcccaaat--------ctaaaacaaaatttggttgaatcccttaagaaa----attgcgtgagaa-----gagaattatattactttgtgtgtattacagGTGGTGGTGTTGCTCTTTTGTATGCTTCGAAAGAACTTGAGAAGCTTTCCACAGCTAACTTTGATCAGAAAATTGGTGTTCAAATCATTCAAAACGCACT

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: PP1S52_245V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 14
gtaatgtatcaattaaaatttcatggggggggggtgtttatgctgatttcctgtgttatttgctcctactgattcctgttgcatcagtatttgtgttagttattcctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgt--atgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                                                | ||| ||| |||      |||  | ||||||   |         ||| | |      |||||| |||      ||  |      ||| | | | ||| |  |  |  |  |||||||||||||||||||  | ||||| ||   |||||| |||||| | || || || || |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||
------------------------------------------------tgctgagttgtttaa----acttgtacctgtt---ttgaggaccatgtcatt------tgatttactgggatcacatcaaataatgga-tgagtgtttcacgggattgaatcagGTGGTGGTGTTGCTCTATTGTATGCTTCCCGGGAGCTTGATAAGATTCAAACCGCGAACTTTGATCAGAAGGTTGGAGTGCAAATCATCCAGAATGCCTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149073907|gb|EE162235.2|EE162235
EST:     AGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|31349659|gb|CD434016.1|CD434016
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|32914117|gb|CF018929.1|CF018929
EST:     GAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: GAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|91875568|gb|EB405525.1|EB405525
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|60337000|gb|DN203973.1|DN203973
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|71425566|gb|DR806758.1|DR806758
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTG
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTG
EST: gi|78078493|gb|DV506906.1|DV506906
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|87152342|gb|DY397131.1|DY397131
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|60347399|gb|DN214372.1|DN214372
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|32858330|gb|CD998011.1|CD998011
EST:     GGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|30088021|gb|CB886226.1|CB886226
EST:     TGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: TGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|6056565|gb|AW090970.1|AW090970
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|21432198|gb|BQ547688.1|BQ547688
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|32857688|gb|CD997369.1|CD997369
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGGTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|22489874|gb|BU049797.1|BU049797
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
EST: gi|30088022|gb|CB886227.1|CB886227
EST:     AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAG                         GTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA
genomic: AGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 509

ATTGGAGGAGCCAGCGAAGCAGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 202

ATTGGAGGAGCCAGCGAAGCAGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 208

ATTGGAGGAGCCAGCGAAGCAGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 271

ATTGGAGGAGCCAGCGAAGCAGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCACTGAATGCTACTAAAGCTGCTGTTGAAGAGGGCATTGTACCAGgtaatgtatc ... gtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgatttcctgttgcgtcagtatgcccgggagtcaatctttaattgtgtatgcagGTGGTGGTGTTGCTCTTCTCTATGCATCGAAGGAGCTCGATAAGTTGCAGACAGCAAATTTTGATCAGAAGATTGGTGTGCAAATCATTCAGAATGCTTT
                                  aatctttaatt  TA-rich tract