Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctatagatacaaaagttgcaggctttgatacttcactcagctgtatcctacctatattctatgccctggctttaatgttttatctttatattaatgcagATACCTTGATGTTGGAAGGGACATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCCAGATGCCCTTGTGGTTACTGCCACATATCAGATGTGGAAACCCACAAGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G173868_T04
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G173868_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os01g56670.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
cctatagatacaaaagttgcaggctttgat--acttcactcagc---tgtatcctaccta-ta-ttctatgccctggctttaatgttttatctttatattaatgcagATACCTTGATGTTGGAAGGGACATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCCAGATGCCCTTGTGGTTACTGCCACATATCAGATGTGGAAACCCACAAGCAG
   ||  ||| ||    |      ||| |   |||  ||| |||   |||  |||   || || || | |||||||| |||||||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||
---atgaata-aatgtatatgctttttaactgactctactaagcttttgtgccctctttaatacttttgtgccctggatttaatgttttagcttta-at--atgcagGTACCTTGATGTTGGAAGGGATATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCTAAATGTCCATGTGGTTACTGCCATATTTCAGATGTAGAAACCCACCAGCAG

upper sequence: GRMZM2G173868_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0020g04650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
cctatagatacaaaagttgcaggctttgatacttcactcagctgta--tcctacctatattctatgccctggctt-taatgttttatct-----ttatattaatgcagATACCTTGATGTTGGAAGGGACATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCCAGATGCCCTTGTGGTTACTGCCACATATCAGATGTGGAAACCCACAAGCAG
        |    || |||   |   || | | | ||| |  |  |  || | ||| |  |  ||        || | |||||||  ||     || | ||  |  ||||| ||||||| ||||||||||||  |  | ||| | || ||||| ||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||    || || |||
--------ttgtgaatttgtctgtcctggttcataacttattttcaactctttcctcttgttaatatggaaaattgttatgttttccctgaaaattttcttcttctagATATCTTGATGCTGGAAGGGACATGGTTACTAGCTTGCAGTATGGGGCTCGATGCCCTTGTGGATACTGTCACATATCAGATGTAGAGTTTCATAAACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32834027|gb|CD973705.1|CD973705
EST:     GAGTTGATTGAAAGCACATATTGGTTGTTCAAGGCTACCAGAGATTACAG                         ATACCTTGATGTTGGAAGGGACATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCCAG
genomic: GAGTTGATTGAAAGCACATATTGGTTGTTCAAGGCTACCAGAGATTACAGgtgggttttt ... attaatgcagATACCTTGATGTTGGAAGGGACATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcctacctatattctatgccctggctttaatgttttatctttatattaatgcagATACCTTGATGTTGGAAGGGACATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCCAGATGCCCTTGTGGTTACTGCCACATATCAGATGTGGAAACCCACAAGCAG
                                            tattaat  putative branch site (score: 2)
                          tttaatgttttatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cctatagatacaaaagttgcaggctttgatacttcactcagctgtatcctacctatattctatgccctggctttaatgttttatctttatattaatgcagATACCTTGATGTTGGAAGGGACATATTAGCAAGCCTTCAATATGGTGCCAGATGCCCTTGTGGTTACTGCCACATATCAGATGTGGAAACCCACAAGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG