1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaagcctttgagtctactgcatcaatattttgtttaaacttaacaccatgaccaattttgctggtaacgttatggttacggatcatttttcatttatgttttaaattttaatatgtaatcttgtattcttgtttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGACTCAACAATATGTCCCTTGTAATGACCAGAGCAACACTAAGGCAGCCGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G173777_T01 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTTACTACTATRATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGAEST: gi|32930927|gb|CF035739.1|CF035739
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
EST: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGAEST: gi|211344307|gb|FL081278.1|FL081278
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
EST: GGGTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGGAACTACTG GNCTTTACTATGACAGCAACTCTGGGGGTTTGGTNTTCTTATGATCAACAGEST: gi|211224726|gb|FL222444.1|FL222444
genomic: GGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGG-AACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAG-TTTGGTATTCATATGATCAACAG
EST: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGAEST: gi|211344310|gb|FL081281.1|FL081281
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
EST: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGAEST: gi|211344311|gb|FL081282.1|FL081282
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
EST: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGAEST: gi|13490949|gb|BG517713.1|BG517713
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
EST: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGAEST: gi|211344312|gb|FL081283.1|FL081283
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
EST: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGAEST: gi|211344309|gb|FL081280.1|FL081280
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
EST: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTG GCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
genomic: TGGTTACTACTATGATTCTGCATCTGGATTCTATTATGATGGAACTACTGgtaagccttt ... tttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGA
ttttcatttatgttttaaattttaatatgtaatcttgtattcttgtttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGACTCAACAATATGTCCCTTGTAATGACCAGAGCAACACTAAGGCAGCCGG
ttttaat putative branch site (score: 75)
ttcttgttt putative PPT
atttatgttttaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcctttgagtctactgcatcaatattttgtttaaacttaacaccatgaccaattttgctggtaacgttatggttacggatcatttttcatttatgttttaaattttaatatgtaatcttgtattcttgtttgttgcagGCCTTTACTATGACAGCAACTCTGGAGTTTGGTATTCATATGATCAACAGACTCAACAATATGTCCCTTGTAATGACCAGAGCAACACTAAGGCAGCCGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA