Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgcatctgaggagaatttaagctcagctctaatcgttcacctctcttgtataactaaagtttatttaattgtattatatgcagTCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTCTCATATAGCCAAGCAGCAATACTTGACCTTGCATTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G157621_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60348856|gb|DN215829.1|DN215829
EST:     GAGTTTTTATTGTTGGGTCCCAGATTCAGACAGATGCTCGGAAAGATAAG                         TCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTCTCATATAGCCAAGCAGCAATA
genomic: GAGTTTTTATTGTTGGGTCCCAGATTCAGACAGATGCTCGGAAAGATAAGgtactgcatc ... ttatatgcagTCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTCTCATATAGCCAAGCAGCAATA
EST: gi|60397550|gb|DN230366.1|DN230366
EST:     GAGTTTTTATTGTTGGGTCCCAGATTCAGACAGATGCTCGGAAAGATAAG                         TCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTCTCATATAGCCAAGCAGCAATA
genomic: GAGTTTTTATTGTTGGGTCCCAGATTCAGACAGATGCTCGGAAAGATAAGgtactgcatc ... ttatatgcagTCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTCTCATATAGCCAAGCAGCAATA
EST: gi|31356419|gb|CD440776.1|CD440776
EST:     GAGTTTTTATTGTTGGGTCCCAGATTCAGACAGATGCTCGGAAAGATAAG                         TCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTTTCATACAGCCAAGCAGCAATA
genomic: GAGTTTTTATTGTTGGGTCCCAGATTCAGACAGATGCTCGGAAAGATAAGgtactgcatc ... ttatatgcagTCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTCTCATATAGCCAAGCAGCAATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaatcgttcacctctcttgtataactaaagtttatttaattgtattatatgcagTCAAACAATGGGTCTCCTTGGCTCAAGTTCTCATATAGCCAAGCAGCAATACTTGACCTTGCATTTCAG
               tcttgtataactaaag  TA-rich tract