1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...tgagttggtggtcatgaatccaacctatagtaaagtcaaaggacttgttagtatttggtataaacattggtgggatgtttacatgtactattgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCTTTCAATTATTGCTTTCAAGAATAAGGACAACCTTGGAGGAGATAAGCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G109383_T02 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|120480298|gb|EH210799.1|EH210799
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|149109220|gb|EE293196.2|EE293196
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|18167299|gb|BM337138.1|BM337138
genomic: GTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: ATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|20508129|gb|BQ279907.1|BQ279907
genomic: ATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|32915471|gb|CF020283.1|CF020283
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGCGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|67018536|gb|CO447285.1|CO447285
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|67025110|gb|CO453859.1|CO453859
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|31363628|gb|CD447985.1|CD447985
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|213170007|gb|FM188153.1|FM188153
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|31353391|gb|CD437748.1|CD437748
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|32910896|gb|CF015708.1|CF015708
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|67022599|gb|CO451348.1|CO451348
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCAT-TGGGCTGTGCTT-CATGGCEST: gi|67014425|gb|CO443174.1|CO443174
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|26456763|gb|CA828346.1|CA828346
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|31354675|gb|CD439032.1|CD439032
genomic: GAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCEST: gi|211541124|gb|FL006425.1|FL006425
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatg ... ttgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGC
tgttagtatttggtataaacattggtgggatgtttacatgtactattgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCTTTCAATTATTGCTTTCAAGAATAAGGACAACCTTGGAGGAGATAAGCT
tataaacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgagttggtggtcatgaatccaacctatagtaaagtcaaaggacttgttagtatttggtataaacattggtgggatgtttacatgtactattgtggccagGGTCTGACCACATTCGTGAGAAGGATGGCATCTGGGCTGTGCTTGCATGGCTTTCAATTATTGCTTTCAAGAATAAGGACAACCTTGGAGGAGATAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT