1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtttgtcgcatgatggttttgtattctctttctattcacctaacctgtaaagtctatggagtcggcatactgattgttgttacaattgatttgcttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATGAAGATGCAGTAGGATCAGTGGACCAACCTGGCTATGGAGCCAAGATTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G101791_T02 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|211488132|gb|FL062509.1|FL062509
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|211127807|gb|FL448898.1|FL448898
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|211488134|gb|FL062511.1|FL062511
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|5608481|gb|AI902058.1|AI902058
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|211221052|gb|FL468690.1|FL468690
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATYTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|211488137|gb|FL062514.1|FL062514
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|211488133|gb|FL062510.1|FL062510
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|110208747|gb|EC890644.1|EC890644
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATEST: gi|211488135|gb|FL062512.1|FL062512
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
EST: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAG ATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
genomic: GGGGTTTAAGAACCATCCTTGAGAATATTCTCATGGATTCTATGTATGAGgtttgtcgca ... ttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGAT
aagtctatggagtcggcatactgattgttgttacaattgatttgcttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATGAAGATGCAGTAGGATCAGTGGACCAACCTGGCTATGGAGCCAAGATTC
tttgcttcctt CT-rich tract
aattgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgtcgcatgatggttttgtattctctttctattcacctaacctgtaaagtctatggagtcggcatactgattgttgttacaattgatttgcttccttacagATTCCAGATGCAAAATCTGGGGAGAAGCGAATTGATGCAGTGGTTGTAGATGAAGATGCAGTAGGATCAGTGGACCAACCTGGCTATGGAGCCAAGATTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA