Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatttatatattttataactttgtccatataccctcttgtttcaactttttaaagaactaggtagctcatttccagtatgtttcctggcccatctgtgccttttattccttacccattcatgtatctgaaaaatatctctactcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTTTCCGCAGAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G100639_T01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9731443|gb|BE510195.1|BE510195
EST:     GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: gi|78024212|gb|DV492599.1|DV492599
EST:     GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: gi|40334809|gb|CK368879.1|CK368879
EST:     GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAACGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: gi|20803427|gb|BQ294477.1|BQ294477
EST:     GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAATGATCCA
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCA
EST: gi|6021880|gb|AW066808.1|AW066808
EST:     GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCNCTGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: gi|6654282|gb|AW267687.1|AW267687
EST:     GCTGGTCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: gi|9461361|gb|BE453695.1|BE453695
EST:     GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: gi|6021895|gb|AW066823.1|AW066823
EST:     TGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: TGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 327

TGACTGAGATGGAAGAGAGAGAACAGAGAGAAATGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTTTCCGCAGAGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 96

TGACTGAGATGGAAGAGAGAGAACAGAGAGAAATGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTTTCCGCAGAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 95

TGACTGAGATGGAAGAGAGAGAACAGAGAGAAATGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTTTCCGCAGAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 22

TGACTGAGATGGAAGAGAGAGAACAGAGAGAAATGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTTTCCGCAGAGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgccttttattccttacccattcatgtatctgaaaaatatctctactcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTTTCCGCAGAGAG
          tccttac  putative branch site (score: 22)
                                     tatctctactcttc  putative PPT
                          tatctgaaaaatat  TA-rich tract