1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtaagttttatcttaagatgctgtttttttctgactttcttagctagctacaatccctttgtttaaacatgtgcaaagtgttttctgtcagaaaaaaagttgaagctgacccttgtttcctttttaacagGTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGCGGAGGTGGAGCATCAGCTCTTGTTCTCGAACTCGCATAAGAAGCATTGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G085474_T02 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCATCCTCTTGGGTGCAGCGGTGCTCGCATTTTGGTCACCCTTCTTGGT GTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGCEST: gi|71448616|gb|DR829666.1|DR829666
genomic: GGCATCCTCTTGGGTGCAGCGGTGCTCGCATTTTGGTCACCCTTCTTGGTgtaagtttta ... tttttaacagGTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGC
EST: GGCATCCTCTTGGGTGCAGCGGTGCTCGCATTTTGGTCACCCTTCTTGGT GTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGCEST: gi|18174948|gb|BM350336.1|BM350336
genomic: GGCATCCTCTTGGGTGCAGCGGTGCTCGCATTTTGGTCACCCTTCTTGGTgtaagtttta ... tttttaacagGTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGC
EST: GGCATCCTCTTGGGTGCAGCGGTGCTCGCATTTTGGTCACCCTTCTTGGT GTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGC
genomic: GGCATCCTCTTGGGTGCAGCGGTGCTCGCATTTTGGTCACCCTTCTTGGTgtaagtttta ... tttttaacagGTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGC
aagtgttttctgtcagaaaaaaagttgaagctgacccttgtttcctttttaacagGTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGCGGAGGTGGAGCATCAGCTCTTGTTCTCGAACTCGCATAAGAAGCATTGG
agctgac putative branch site (score: 389)
cccttgtttccttttt CT-rich tract
aaaaaaagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttttatcttaagatgctgtttttttctgactttcttagctagctacaatccctttgtttaaacatgtgcaaagtgttttctgtcagaaaaaaagttgaagctgacccttgtttcctttttaacagGTCCTTAGGGAAAAGGGCGGCAAGATCGGTGTTGCTGGTGTCTGCAACGGCGGAGGTGGAGCATCAGCTCTTGTTCTCGAACTCGCATAAGAAGCATTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC