Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtaactctacttgcatgccctttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G052875_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G052875_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
--------------------------gtaggtaactctacttgcatg--ccctttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA
                             | || ||  |  || ||   |  |||||||||||||||  | ||    ||     | ||  | ||    | |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| ||||||||
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatg--gcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA

upper sequence: GRMZM2G052875_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os01g16970.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
--------------------------gtaggtaactctacttgcatgccct--ttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA--------------------------------------
                             | || ||  |  || ||   ||  ||||||||||||||  | ||    ||     | ||  | ||    | |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| ||||||||                                      
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatg--gcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAGTATGTTGATTTCTCTACATACACCTTCCACCTTTTCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211535329|gb|FL357693.1|FL357693
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATG
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATG
EST: gi|60350253|gb|DN217226.1|DN217226
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|211376353|gb|FL146646.1|FL146646
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGATGTCGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|18964528|gb|BM661058.1|BM661058
EST:     ACCTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|18964529|gb|BM661059.1|BM661059
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|33092076|gb|CF052070.1|CF052070
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|211376351|gb|FL146644.1|FL146644
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|87151897|gb|DY396686.1|DY396686
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|211084967|gb|FL399106.1|FL399106
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|211376352|gb|FL146645.1|FL146645
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|211072830|gb|FL342711.1|FL342711
EST:     ACTTTTCAGGTGNAGACAAATGCTGGAATGGCCCNGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTTAGATGTGGGCTGA
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTT-AGATGTGGGCTGA
EST: gi|31359162|gb|CD443519.1|CD443519
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGATGTCGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|67026048|gb|CO454797.1|CO454797
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
EST: gi|30306637|gb|CD001310.1|CD001310
EST:     ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAG                         GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT
genomic: ACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 181

GAGATGGGACAAATTTGAAGAATCGTACAGAGTAATGCACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 205

GAGATGGGACAAATTTGAAGAATCGTACAGAGTAATGCACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 202

GAGATGGGACAAATTTGAAGAATCGTACAGAGTAATGCACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 231

GAGATGGGACAAATTTGAAGAATCGTACAGAGTAATGCACTTTTCAGGTGGAGACAAATGCTGGAATGGTCCTGACCGAAGCCTAAAGgtaggtaact ... tctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA
             ttctaaa  putative branch site (score: 231)
                                          tgctctc  putative PPT
             ttctaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggtaactctacttgcatgccctttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG