1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...ggaaaatgagctactcaatccccgggaatcccagaggggatttaagtttccaaactagccctaaataaacaagtaatgactctggttttctgttctccagGAACACAATATGCCCAGCAGTCCTACAAAGTAAGTGATACATTTCCTTTCAAATGGATAAACAAAAAGTGGAAGGAGGGCTTCTATGTCACTGCTATGGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G045259_T02 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCACTGGCTGGTGCGAATAATGGAAGCTCTTTGGTGATTATGTCAAGAG GAACACAATATGCCCAGCAGTCCTACAAAGTAAGTGATACATTTCCTTTCAEST: gi|9956162|gb|BE643596.1|BE643596
genomic: TGCACTGGCTGGTGCGAATAATGGAAGCTCTTTGGTGATTATGTCAAGAGgtaattacat ... tgttctccagGAACACAATATGCCCAGCAGTCCTACAAAGTAAGTGATACATTTCCTTTCA
EST: GCTCTTTGGTGATTATGTCAAGAG GAACACAATATGCCCAGCAGTCCTACAAAGTAAGTGATACATTTCCTTTCA
genomic: GCTCTTTGGTGATTATGTCAAGAGgtaattacat ... tgttctccagGAACACAATATGCCCAGCAGTCCTACAAAGTAAGTGATACATTTCCTTTCA
gtttccaaactagccctaaataaacaagtaatgactctggttttctgttctccagGAACACAATATGCCCAGCAGTCCTACAAAGTAAGTGATACATTTCCTTTCAAATGGATAAACAAAAAGTGGAAGGAGGGCTTCTATGTCACTGCTATGGC
ccctaaa putative branch site (score: 99)
ttttctgttctcc putative PPT
taaataaacaagtaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggaaaatgagctactcaatccccgggaatcccagaggggatttaagtttccaaactagccctaaataaacaagtaatgactctggttttctgttctccagGAACACAATATGCCCAGCAGTCCTACAAAGTAAGTGATACATTTCCTTTCAAATGGATAAACAAAAAGTGGAAGGAGGGCTTCTATGTCACTGCTATGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
-gaaaatga
- - - - -gctactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa