Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tccctctttaaaagataaagttaaataaggattttatgtgtatgaattatggctgctaatgcacttagttgaagcatatctgtttgctgattatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044011_T01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044011_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os04g56480.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
tccctctttaaaagataaagttaaa--taaggattttatgtgtatgaattatggctgctaatgcacttagttgaagcatatctgtttgctgattatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG
|   | | ||| |  |   |||| |  ||  |||| |   |   ||||  ||       ||  |   | | |   |  | | | |||  |||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||    |||   |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||
tgtttttataatatttgtggttagagctactgattctgcttagttgaagaatataattaaacccctgtcgctct-gttttttttttttttgataatt-gcagGATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12970136|gb|BG266832.1|BG266832
EST:     TGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: TGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|67018038|gb|CO446787.1|CO446787
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|211495349|gb|FL234479.1|FL234479
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|91048656|gb|EB159074.1|EB159074
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|67018605|gb|CO447354.1|CO447354
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|67024357|gb|CO453106.1|CO453106
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|40303701|gb|CK348088.1|CK348088
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTTCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|71763506|gb|DR961443.1|DR961443
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|74236267|gb|DT644181.1|DT644181
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|211359052|gb|FL430699.1|FL430699
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|71442136|gb|DR823186.1|DR823186
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|50333168|gb|CO528294.1|CO528294
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|67021632|gb|CO450381.1|CO450381
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|71302744|gb|DR787484.1|DR787484
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
EST: gi|76016282|gb|DT943452.1|DT943452
EST:     GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAAT                         GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA
genomic: GTCCGAGCTCTGCAGGATTTCTTCAATATGCTTACTAATgtaagtgtgt ... ttatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatggctgctaatgcacttagttgaagcatatctgtttgctgattatttgcagGAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCG
                                          tgattattt  TA-rich tract