1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...tggaataacttataatatagaattgagggaattgtattgatcatcttcctatcctagcttactgactgttaaggtcttggagatgttcaattgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCGTCTGAGAGTGATTATTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G040720_T03 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCATCTATCTCCEST: gi|60338335|gb|DN205308.1|DN205308
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|37381459|gb|CF627617.1|CF627617
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|37390531|gb|CF632497.1|CF632497
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|211465177|gb|FL447936.1|FL447936
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|60341736|gb|DN208709.1|DN208709
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|71305468|gb|DR788864.1|DR788864
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTTTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|60344633|gb|DN211606.1|DN211606
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|40336243|gb|CK370313.1|CK370313
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCEST: gi|86474242|gb|DY240612.1|DY240612
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
EST: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTG GTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
genomic: TGCAAGATGTGCTATACACGGTCTTGAGAAGCAGCACAAAATGGAGTCTGgtatgtgtta ... ttgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCC
ttcctatcctagcttactgactgttaaggtcttggagatgttcaattgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCGTCTGAGAGTGATTATTG
tactgac putative branch site (score: 1)
ttcaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggaataacttataatatagaattgagggaattgtattgatcatcttcctatcctagcttactgactgttaaggtcttggagatgttcaattgtgttcagGTGCAATCAGACGTATGTTCTTGAATGTCAAAACAAATGTCAGCTATCTCCGTCTGAGAGTGATTATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgactg