Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatttggtactatggtatcactttattcaagatcgtttttaggcagtcatgctctcgaaacatgactggtaatgacttttctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G037698_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os10g32880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
gtatgatttggtactatggtatcactttattcaagatcgttttt-aggcagtca--------tgctctcgaaaca--tgactggtaatgacttttctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG
      | || ||||  || | |   | ||||||| || ||||| |||   |||        |||||| |||| |  |  ||   ||| |  ||| | ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
-----gtgtgatactccggcaac---tcattcaagttcttttttcaggtgttcatgcatgtctgctcttgaaataccttgctaacaatcatcttttt-tctctagTCAAATGTTGCAAAGTTTGAGGGGCATGTTGGACCAGTGACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTTGCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211125233|gb|FL005606.1|FL005606
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGANCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|32908360|gb|CF013173.1|CF013173
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|32934237|gb|CF039049.1|CF039049
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|33090853|gb|CF050847.1|CF050847
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTT-AAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTGTGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|32933281|gb|CF038093.1|CF038093
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|32837457|gb|CD977135.1|CD977135
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|60341462|gb|DN208435.1|DN208435
EST:     GATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|32936163|gb|CF040975.1|CF040975
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
EST: gi|33103734|gb|CF063694.1|CF063694
EST:     GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAG                         TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC
genomic: GAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 240

ACAAGAGGGATATACATCCGCGTCTTTCCATCCAGATGGTCTTATCCTTGGAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 87

ACAAGAGGGATATACATCCGCGTCTTTCCATCCAGATGGTCTTATCCTTGGAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 69

ACAAGAGGGATATACATCCGCGTCTTTCCATCCAGATGGTCTTATCCTTGGAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 116

ACAAGAGGGATATACATCCGCGTCTTTCCATCCAGATGGTCTTATCCTTGGAACAGGAACTACTGATGCTGTTGTTAAAATTTGGGATGTGAAGACTCAGgtatgatttg ... ctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttaggcagtcatgctctcgaaacatgactggtaatgacttttctatctgtagTCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG
                                        cttttctatct  CT-rich tract
                                         ttttctat  TA-rich tract