Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcatcacatcttttttttgtctctgtggataatgatattgataccagttttctaactatgattctccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCTTCTCAATCCCAGGCATTATTTAACATAAAGGACTCAAACAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009849_T02
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17970269|gb|BM277032.1|BM277032
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|22491327|gb|BU051250.1|BU051250
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|19351752|gb|BM896284.1|BM896284
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|87153866|gb|DY398655.1|DY398655
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|22489504|gb|BU049427.1|BU049427
EST:     ACATGGTCC-ACACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCC-CAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTC
genomic: ACATGGTCCTA-ACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTC
EST: gi|87153811|gb|DY398600.1|DY398600
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctctgtggataatgatattgataccagttttctaactatgattctccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCTTCTCAATCCCAGGCATTATTTAACATAAAGGACTCAAACAAG
                             ttctaac  putative branch site (score: 1)
                                         ttctccact  putative PPT
        ataatgatattgata  TA-rich tract