Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttaatgaaggatatttttgaagcatgtcccatttatttgggtagaattaatttcttgactgactctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC

Basic information

species Zea mays
transcript AC207890.3_FGT002
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AC207890.3_FGT002 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os02g32350.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
gtttgttaatgaaggatatttttgaa-gcatgtcccatttatttgggtag--aattaatttcttgactgactctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC
||||||| || ||| |||| || ||| | |    |     |||| |  |   || |  |  | ||  |  |  |||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||| | |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||
gtttgttgatcaagaatatattggaatgtacagacttgccattttgtaaacaaactgttaacctggttt-ccatattcagGTTGTTGTAACTGAAGTCCTTGGTGGTGGAAAGTTCTATGTCCAAACAGTTGGTGACCATAGAGTGGCTTCCATTCAACAACAGCTTGCATCTTTAAAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9028579|gb|BE238619.1|BE238619
EST:     ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
genomic: ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
EST: gi|32804724|gb|CD956960.1|CD956960
EST:     GATCCGCACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
genomic: GATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
EST: gi|31352747|gb|CD437104.1|CD437104
EST:     ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAAT
genomic: ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGG-TGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAAT
EST: gi|213184087|gb|FM191543.1|FM191543
EST:     ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCNNNACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACCATG
genomic: ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
EST: gi|32827405|gb|CD967083.1|CD967083
EST:     GATCTACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
genomic: GATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
EST: gi|211483957|gb|FL010660.1|FL010660
EST:     ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
genomic: ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
EST: gi|32804487|gb|CD956723.1|CD956723
EST:     GATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
genomic: GATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
EST: gi|32865345|gb|CF005027.1|CF005027
EST:     ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
genomic: ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
EST: gi|213191810|gb|FM182159.1|FM182159
EST:     ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAG                         GTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG
genomic: ATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 280

ATATGGGAGAACTATGTCGAGGGTGAAAATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC


Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 415

ATATGGGAGAACTATGTCGAGGGTGAAAATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC


Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 490

ATATGGGAGAACTATGTCGAGGGTGAAAATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 389

ATATGGGAGAACTATGTCGAGGGTGAAAATGCTTCCAATGGATCCACACCTGAATCTAAACAAAAGCAAATTCTCAAGgtttgttaat ... ctctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaagcatgtcccatttatttgggtagaattaatttcttgactgactctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC
                                       gactgac  putative branch site (score: 389)
                                             ctctattt  CT-rich tract
                        tagaattaatttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgttaatgaaggatatttttgaagcatgtcccatttatttgggtagaattaatttcttgactgactctatttagGTTGTTGTCACGGAAGTTCTTGGTGGTGGGAAGTTTTATGTTCAGACAATGGGTGACCAGAGGGTGGCTTCAATTCAACAGCAGCTTGCATCTTTGAAAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT