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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatattttggtgtcatgctttctgaatctccatgtttagtagtactttggatgcatcggtgttgtagtgctaatcttctagcttttctctggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G860137_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G860137_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os01g02020.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
ttatattttggtgtcatgctttctg---aatctccatgtttagtagtactttggatgcatcggtgttgtagtgctaatcttctagcttttctctggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT
|||| | |  | | |||  | |||    ||||| ||  ||||| |        | ||||    |  | |  || ||| | || |    || |  | ||  |||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| ||| |||| |||||
ttatctgtcagcgccattttctctctttaatctgcacctttagcatgcaaaatgttgcaatcttcctctt-tgttaaacatcaacacgtttt--gctccacagATTCTTAGACATAAAAATGGAAAGATTGGGGTTGCTGGAGTTTGCAATGGAGGTGGTGGTGCTTCTGCCCTTGTTGTGGAACTCAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71442413|gb|DR823463.1|DR823463
EST:     GCCATCCTTTCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|71426142|gb|DR807192.1|DR807192
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|21891396|gb|BQ744609.1|BQ744609
EST:     NCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGNCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|93281947|gb|EB674211.1|EB674211
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|211211417|gb|FL472067.1|FL472067
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149110542|gb|EE294180.2|EE294180
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|60353947|gb|DN220920.1|DN220920
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|110951057|gb|EE171162.1|EE171162
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|110202377|gb|EC884274.1|EC884274
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149107170|gb|EE189057.2|EE189057
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|78544790|gb|DV622288.1|DV622288
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|71437289|gb|DR818339.1|DR818339
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|89760641|gb|DY688973.1|DY688973
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|71298332|gb|DR785147.1|DR785147
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|91051494|gb|EB161912.1|EB161912
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGGGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|88748462|gb|DY532603.1|DY532603
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|71763804|gb|DR961741.1|DR961741
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|37375775|gb|CF624352.1|CF624352
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|78544465|gb|DV621963.1|DV621963
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|60353407|gb|DN220380.1|DN220380
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|211357448|gb|FL362295.1|FL362295
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|74232956|gb|DT640870.1|DT640870
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|6865254|gb|AW360604.1|AW360604
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCNCGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|78078472|gb|DV506885.1|DV506885
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|50322371|gb|CO517497.1|CO517497
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149029956|gb|EE154793.2|EE154793
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149087111|gb|EE176650.2|EE176650
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|20337069|gb|BQ172699.1|BQ172699
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|113701695|gb|EE679199.1|EE679199
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|110939957|gb|EE160114.1|EE160114
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 38

GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 147

GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 129

GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 39

GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttggatgcatcggtgttgtagtgctaatcttctagcttttctctggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT
                       tgctaat  putative branch site (score: 39)
                             tcttctagcttttctc  CT-rich tract
                          taatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttatattttggtgtcatgctttctgaatctccatgtttagtagtactttggatgcatcggtgttgtagtgctaatcttctagcttttctctggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGCGGCGGCGGCGCTTCAGCCCTCGTTTTGGAGCTCAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - -ttttggt
- - - - - - - - tgctttc
- - - - - - - - - - - - - - ctccatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tagtgct