Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttctaagttctggtaggttatatgttcttcagtagtccgtatttggggatctaggatagacttttcacactgttcgtcactttcgatagGTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G846548_T02
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74233513|gb|DT641427.1|DT641427
EST:     GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACAT                         GTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
genomic: GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACATgtaagttcta ... ctttcgatagGTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
EST: gi|60397357|gb|DN230173.1|DN230173
EST:     GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACAT                         GTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
genomic: GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACATgtaagttcta ... ctttcgatagGTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
EST: gi|5668511|gb|AI932026.1|AI932026
EST:     GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACAT                         GTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
genomic: GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACATgtaagttcta ... ctttcgatagGTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
EST: gi|211102153|gb|FL034739.1|FL034739
EST:     GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACAT                         GTTGGTGATTGCAAAAACAAGATGCCACTATGAAAACG
genomic: GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACATgtaagttcta ... ctttcgatagGTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
EST: gi|71419948|gb|DR804950.1|DR804950
EST:     GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACAT                         GTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
genomic: GAGCGTGTGCACTTGGGTGCTAAAGCCTCGATGCTTACACACAGTGACATgtaagttcta ... ctttcgatagGTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtccgtatttggggatctaggatagacttttcacactgttcgtcactttcgatagGTTGGTGATTGCAAAAACAAGATACCACTATGAAAACG
                                          tcactttc  CT-rich tract
     tattt  TA-rich tract