Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtctgggtgaccacaagcctatgggcattttgttcatgtttaagttgtgcttttgagacactatcggatcgaaattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTACCTGATCGTTCTCTTCTGTTTCCTAGTAATCAGTACACGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G451366_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G451366_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os08g01180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
-----------------gtacgtctgggtgaccacaagcctatgggcattttgttcatgtttaagttgtgcttttgagacactat-cggatcgaaattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTACCTGATCGTTCTCTTCTGTTTCCTAGTAATCAGTACACGG
                   |    |   |    |    | ||||     | ||  ||  || || |     || | | ||| | | || ||    | | | ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| | || |||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||
aattgcttaacagcaacaaagaattcattttaaatggacttatgcaagatatgaacacattgaaata----ttctcatacattcttcgaattattaattcacagGTTGCAAGTGTTACTTTTGATTTACTGTTCCTTCTGGTGATTGGCTCCTACCTAATTATTCTCTTCAGTTTCCTAGTAATCACTACACGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76931447|gb|DV172728.1|DV172728
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|60354551|gb|DN221524.1|DN221524
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|8551643|gb|BE128814.1|BE128814
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|32809380|gb|CD961614.1|CD961614
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|71440388|gb|DR821438.1|DR821438
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|148934011|gb|EC878016.2|EC878016
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|149109482|gb|EE293326.2|EE293326
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATTTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|89252033|gb|DY623819.1|DY623819
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTG
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTG
EST: gi|60356118|gb|DN223091.1|DN223091
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|17930706|gb|BM267666.1|BM267666
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCATCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|78123288|gb|DV541672.1|DV541672
EST:     GCATGTTCACTTTTTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|60347494|gb|DN214467.1|DN214467
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|32826642|gb|CD966320.1|CD966320
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|71326873|gb|DR800095.1|DR800095
EST:     GCATGTTCACTTTTTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATTTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|32827213|gb|CD966891.1|CD966891
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|211499697|gb|FL406840.1|FL406840
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|32794438|gb|CD946674.1|CD946674
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
EST: gi|60357371|gb|DN224344.1|DN224344
EST:     GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAG                         GTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC
genomic: GCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 38

ACTGTCCGAGCACACGTCTGATGTGCATGTTCAAAGTGATGCGCTTGAAGGCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTACCTGATCGTTCTCTTCTGTTTCCTAGTAATCAGTACACGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 58

ACTGTCCGAGCACACGTCTGATGTGCATGTTCAAAGTGATGCGCTTGAAGGCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTACCTGATCGTTCTCTTCTGTTTCCTAGTAATCAGTACACGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 47

ACTGTCCGAGCACACGTCTGATGTGCATGTTCAAAGTGATGCGCTTGAAGGCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTACCTGATCGTTCTCTTCTGTTTCCTAGTAATCAGTACACGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 64

ACTGTCCGAGCACACGTCTGATGTGCATGTTCAAAGTGATGCGCTTGAAGGCATGTTCACTTTCTATGATACAACTAAAGCGACTCTAAATGTGTACCAGgtacgtctgg ... aattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTACCTGATCGTTCTCTTCTGTTTCCTAGTAATCAGTACACGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgttcatgtttaagttgtgcttttgagacactatcggatcgaaattactcagGTTGCAAGTGTTACCTTTGATCTGCTGTTCCTTCTGGTGCTGGGTTCCTACCTGATCGTTCTCTTCTGTTTCCTAGTAATCAGTACACGG
        atgtttaa  TA-rich tract