Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtactatgatactttactttcaaattttctttcctatttatagggaatactactcattttgctatgctggcgttctgcagAAGCTCTTTACCGCTCAGATTTCTTTCCTGGGCTTGGATGGATGTTAACAAAGTCCACTTGGATTGAACTGTCACCAAAGTGGCCTAAAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G426275_T04
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G426275_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os02g58590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtttgtactatgatac-tttactttcaaattttctttcctatttatagggaatactactcattttgctatgctggcgttctgcagAAGCTCTTTACCGCTCAGATTTCTTTCCTGGGCTTGGATGGATGTTAACAAAGTCCACTTGGATTGAACTGTCACCAAAGTGGCCTAAAGC
||| ||||| |||||    |   |  || || | ||    ||| ||||||||  ||||||||||| |||      | || |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||| |||||
gttagtactctgatagacctgtataaaagttctgttctgcattaatagggaaagctactcattttcctacataaacattttgcagAAGCTCTTTACCGGTCGGATTTCTTTCCTGGACTTGGATGGATGTTAACAAAGCCTACATGGATTGAGCTGTCACCTAAGTGGCCCAAAGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttctttcctatttatagggaatactactcattttgctatgctggcgttctgcagAAGCTCTTTACCGCTCAGATTTCTTTCCTGGGCTTGGATGGATGTTAACAAAGTCCACTTGGATTGAACTGTCACCAAAGTGGCCTAAAGC
         tatttata  TA-rich tract