Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttatgccatattctctgcatatttaactaagcaagagaagaagttggtcaaatgcatgttattgctcaaccacccctgttcctgttctagcatcatatgctttctgtgttttttaacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G415846_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G415846_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g47350.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
gtttgttatgccatattctctgcatatttaactaagcaagagaagaagttggtcaaatgcatgttattgctcaaccacccctgttcctgttctagcatcatatgctttctgtgtttttta-acctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC
||| ||| || |  |  |       ||||| ||||||| |||| | |  |||| |    | |||  |   |         ||||      ||||  | | | |   | |  | ||| ||| | |||||||| || |||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||   |||| | |  |  ||||||||   |
gttagttttgtcgcacacatattgcatttagctaagcaggagaggta--tggttagtcacttgtcttcattt---tgattctgtatgctctcta--aacgtgttgctgccatctttcttacatctgcagGCAGTCATGTACATCCTGTGCTTTCGCTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAGGCACAGCTTTTTAACATGCCATTTGGATATATCTTGACAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101383979|gb|EB814044.1|EB814044
EST:     GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
EST: gi|93283859|gb|EB676123.1|EB676123
EST:     GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
EST: gi|21843184|gb|BQ703750.1|BQ703750
EST:     GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
EST: gi|6918320|gb|AW399850.1|AW399850
EST:     GACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: GACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
EST: gi|26457293|gb|CA828876.1|CA828876
EST:     GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: GGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
EST: gi|14245072|gb|BG873654.1|BG873654
EST:     CAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: CAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 234

GCTAGTGGACTGGTGTGATTATTATTGTGGCCATCAGCTGGACAATGGGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 179

GCTAGTGGACTGGTGTGATTATTATTGTGGCCATCAGCTGGACAATGGGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 155

GCTAGTGGACTGGTGTGATTATTATTGTGGCCATCAGCTGGACAATGGGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 219

GCTAGTGGACTGGTGTGATTATTATTGTGGCCATCAGCTGGACAATGGGGTGACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accacccctgttcctgttctagcatcatatgctttctgtgttttttaacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC
                                          ttttaac  putative branch site (score: 219)
                               ctttctgtgtttttt  CT-rich tract
                                      tgttttttaa  TA-rich tract