Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaattctagcttataaccatttttcaatagatgtactgtaagtttgtcctaataattagagttaacgttgtttcagGTATAAATTCAAGTTCCAGATACCGTCTTACTTTTCCCTTGTAATTCGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G305007_T02
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G305007_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os04g54790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
----------------------------gtacaattctagcttataaccatttt--tcaatagatgtactgtaagtttgtcctaataattagagttaacgttgtttcagGTATAAATTCAAGTTCCAGATACCGTCTTACTTTTCCCTTGTAATTCGAAG
                             |||||   ||  |       || |    |  | |||   || ||||  ||  ||  ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||
gtactaatctagtttatgaaaccctattttacaaaaataaatggggtttatatcaaactgttgattctctataagactgctct--taactagagttaatcttgtttcagGTATAAATTCAAGTTCCAGATACCTTCTTACTTCTCTCTTGTAATTCGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcaatagatgtactgtaagtttgtcctaataattagagttaacgttgtttcagGTATAAATTCAAGTTCCAGATACCGTCTTACTTTTCCCTTGTAATTCGAAG
                                              ttgtttc  CT-rich tract
                            taataattagagttaa  TA-rich tract