Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctaccagtaggaaatagggaacacatccatagcttgatgccgttatgttgaattttgataggaaattgtaacattaatgttctattcttcatctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G162672_T02
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211036110|gb|FL230102.1|FL230102
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|71759623|gb|DR957560.1|DR957560
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|32940940|gb|CF045759.1|CF045759
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGTAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|211036106|gb|FL230098.1|FL230098
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|71314948|gb|DR794088.1|DR794088
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|211036107|gb|FL230099.1|FL230099
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|78120047|gb|DV538431.1|DV538431
EST:     AAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTTCA-TTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTG
genomic: AAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACT-CAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTG
EST: gi|71324982|gb|DR799184.1|DR799184
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|149110076|gb|EE293890.2|EE293890
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|71426127|gb|DR807177.1|DR807177
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|71763867|gb|DR961804.1|DR961804
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|32931186|gb|CF035998.1|CF035998
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|32940989|gb|CF045808.1|CF045808
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
EST: gi|148929759|gb|EE285358.2|EE285358
EST:     AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATTTGTTGCAG                         GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC
genomic: AAAATGGATTTGTGTTGGAGCAATTGATATCACTCAATTATCTGTTGCAGgcaaggcatc ... atctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttgaattttgataggaaattgtaacattaatgttctattcttcatctcttcagGTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG
                                tgttctattcttcatc  CT-rich tract
                 aaattgtaacattaat  TA-rich tract