Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttctcattatgttgaatttctatatctttaaatctttatgactagatcagacatttatgctgcatgatgtcattttgtaaatttgtggctcacttcggattatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G157621_T03
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G157621_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os07g47530.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtatgtttctcattatgttgaatttctatatctttaaatctttatgactagatcagacatttatgctgcatgatgtcattt-------------------tgtaaatttgtggctcactt----------cggattatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG
||  |  | |  |  | |||   | ||||  ||| ||   |||||  ||| |||| ||||  || ||| |   || |||||                   ||||||||||    ||||||          |    ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | |  |||
gtgagcctgtt-tgctcttgtgctcctatgccttaaataatttatacctatatcatacatagattctgtaatttggcatttattactatatttgatataatgtaaatttgaaattcacttgtttatgtttccttgtatctccagTTGATTCTCTTTGCCTCGATGGCCCAGGATGGGAAGATAGAGCTAAACATCCATTTGATGTAATATACGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60348856|gb|DN215829.1|DN215829
EST:     CATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAG                         TTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATT
genomic: CATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAGgtatgtttct ... ttatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATT
EST: gi|60397550|gb|DN230366.1|DN230366
EST:     CATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAG                         TTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATT
genomic: CATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAGgtatgtttct ... ttatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATT
EST: gi|31356419|gb|CD440776.1|CD440776
EST:     CATTGCTTTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAG                         TTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATCGGAAGATAGAGCCAAACATT
genomic: CATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAGgtatgtttct ... ttatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 296

AATGGATCCTCAAAAGTTGGAGTCAGATTTGATAAACAGATCCCCGGGGGCATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAGgtatgtttct ... ttatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 315

AATGGATCCTCAAAAGTTGGAGTCAGATTTGATAAACAGATCCCCGGGGGCATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAGgtatgtttct ... ttatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 306

AATGGATCCTCAAAAGTTGGAGTCAGATTTGATAAACAGATCCCCGGGGGCATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAGgtatgtttct ... ttatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 344

AATGGATCCTCAAAAGTTGGAGTCAGATTTGATAAACAGATCCCCGGGGGCATTGATCTTGGAGGCAGTTGTGAGCTTGATCATGGCCTATTCTGTTCAGgtatgtttct ... ttatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatgctgcatgatgtcattttgtaaatttgtggctcacttcggattatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG
                                ggctcac  putative branch site (score: 344)
               tcattttgtaaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttctcattatgttgaatttctatatctttaaatctttatgactagatcagacatttatgctgcatgatgtcattttgtaaatttgtggctcacttcggattatctgcagTTGATTCTCTATGCCTCGATGGTCCAGGATGGGAAGATAGAGCCAAACATTCATTTGATGTTGTGTTTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA