Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgattttgttgttgttgccagcctttgcgcgagtttatttcctttacatgcctttgttgttccggtgcagGTTCGTTTGAATGGTGTCGCTACTTTCATTGGAATGGTTGGACTTTCTGTTGCCCTTGCAGTTCTGGTTGTACTTTTGGCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G140328_T03
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G140328_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os04g51610.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtttgattttgttgttgttgccagcctttgcgcgagtttatttcctttacatgcctttgttgttccggtgcagGTTCGTTTGAATGGTGTCGCTACTTTCATTGGAATGGTTGGACTTTCTGTTGCCCTTGCAGTTCTGGTTGTACTTTTGGCCAG
|||||||||| |   |  ||    | ||||| |||||| ||    || |||||  ||| |||||| || | ||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||| |||||||
gtttgattttttaact--tgttgacttttgcacgagttcatgag-ttgacatgaatttattgttctggagtagGTTCGCTTGAACGGTGTTGCCACCTTCATTGGAATGGTTGGACTTTCTGTTGCTCTCGCCGTTCTTGTTGTCCTTCTGGCCAG

upper sequence: GRMZM2G140328_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA09G06890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtttgattttgttgttgttgccagcctttgcgcgagtt-tatttcc-----tttacatgcctttgttg--ttccggtgcagGTTCGTTTGAATGGTGTCGCTACTTTCATTGGAATGGTTGGACTTTCTGTTGCCCTTGCAGTTCTGGTTGTACTTTTGGCCAG
      |  | |||||  |       | ||   ||||| ||||||      |||||   ||| ||     ||    |  ||||||| || |||||||| |||||||||||||| || || |||||| |||||||  ||   || ||  |||| ||  |||| ||
-----gtccttttgttagttgtgatttctgattgagttctatttctcataatttactcacctatgcaagttttgaatatagGTTCGCTTAAATGGTGTAGCTACTTTCATTGGTATTGTAGGACTTACTGTTGCTGTTATTGTCCTAATTGTGCTACTGGCTAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgccagcctttgcgcgagtttatttcctttacatgcctttgttgttccggtgcagGTTCGTTTGAATGGTGTCGCTACTTTCATTGGAATGGTTGGACTTTCTGTTGCCCTTGCAGTTCTGGTTGTACTTTTGGCCAG
                                         ttgttcc  CT-rich tract
                agtttattt  TA-rich tract