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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgaatacttattgcaaaaatttctcatcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcactgtttgttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G130440_T02
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os09g26880.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
ttgaatacttattgcaaaaatttctcatcttttgtggggtccttcgagttatattttttgat-tgccaata--agcctcactgtttgttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA
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---acacctttcttttacacgctctcagatttcttttactgccatgccccataagacatgaaatgactatggtagtgatgttcttgctcttcttgctgtacagGCCTCATGGTAGTGACTGTGGCATTGTTAATGTAAATATTCCCACAAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCTTTTGGTGGAGAAAAAGCTACTGGTGGTGGA

upper sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA15G19670.4 (Glycine max), 3'ss of exon 12
---------------------------------------------------ttgaatacttattgcaaaaatttctca----tcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcactgttt-----gttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA--------
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gtacttacaaacttatttttgtcctatcctttcgatctctgctgatgagtttggcctacacacttcagtacttgactaacactcctataagatgtttgtggtgatttatagttgcataaatagtatattttacttgttcatgggtgtgaatatggtgcaggccacgagGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGCAAACATACCTACAAATGGAGCTGAGATTGGTGGTGCCTTTGGTGGAGAAAAGGCGACCGGTGGTGGCCGTGAGGC

upper sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
-------------------------------------------------------ttgaatacttattgcaaaaatttctca----tcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcactgttt-----gttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA
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gtaagtacttacaaacttatttttgtcctatcctttcgatctctgctgatgagtttggcctacacacttcagtacttgactaacactcctataagatgtttgtggtgatttatagttgcataaatagtatattttacttgttcatgggtgtgaatatggtgcagGCCACGAGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGCAAACATACCTACAAATGGAGCTGAGATTGGTGGTGCCTTTGGTGGAGAAAAGGCGACCGGTGGTGGC

upper sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA09G08150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 11
-------------------------------------------------------ttgaatacttattgcaaaaatttctca----tcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcact-gtt------tgttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA
                                                       | |  |||  | | ||  | ||    |    || | |  |  ||   | | | | |||  ||  |     | ||    | ||| |||      |||     |  |  ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| 
gtaagtactcacaaacttatttttgtcctatcctttggatctctgctaatgagtttggcctacacacttcagtacttgactaacaatcctataagatgtttgtggtgatttatagttgcacaaatagtatattttacttgttcatgggtgtaaatatggtgcgcagGCCACGAGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGCAAACATACCTACAAATGGAGCTGAAATTGGTGGTGCCTTTGGTGGAGAAAAGGCGACAGGTGGTGGC

upper sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT1G54100.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
ttgaatacttattgcaaaaatttctcatcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcactgtttgttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA
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----gtaagtgctataaaaacaa--caacttaactcaatctttccgaccaatataatctactga--aattaattttaatgtg-atggttttactac-tagACCACTGGGAAGTGACTGTGGCATTGTGAATGTGAACATACCGACGAATGGAGCTGAGATTGGTGGAGCTTTTGGAGGCGAGAAAGCGACTGGTGGTGGT

upper sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv11s0016g00900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
ttgaatacttattgcaaaaatttctcatcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcactgtttgttctct--tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA
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--gaagaggcagttgttgaatgtcatgacacataagggattggtggatctagtgcattaatgtccctgtgaaatattttgttcatatatgagtattatacagGCCACATGGAAGTGACTGTGGTATTGTGAATGTAAATATACCTACAAATGGAGCTGAGATTGGTGGAGCTTTTGGGGGAGAAAAGGCAACTGGTGGTGGT

upper sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: PP1S237_29V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 13
----ttgaatacttattgcaaaaatttctcatcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcactgtttgttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA
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attagtgacaatgtacgaggaagctacttcatgcacc-tcatttacttcatttcgaatttttacatt-ttagtgacaagcaagatgt-ttctctcgtt-tgcagACCTACAGGCAGTGATTGTGGTATTGTCAATGTGAACATACCAACCAATGGAGCGGAGATTGGGGGAGCATTCGGTGGAGAGAAGGCAACAGGGGGCGGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020548|gb|CO449297.1|CO449297
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|60347398|gb|DN214371.1|DN214371
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|9255155|gb|BE345623.1|BE345623
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|16377835|gb|BI992138.1|BI992138
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|5650136|gb|AI920496.1|AI920496
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|14204228|gb|BG837905.1|BG837905
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32922323|gb|CF027135.1|CF027135
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|67026257|gb|CO455006.1|CO455006
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32922524|gb|CF027336.1|CF027336
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGTTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAA
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAA
EST: gi|32915097|gb|CF019909.1|CF019909
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGCGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32828369|gb|CD968047.1|CD968047
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|37383638|gb|CF628842.1|CF628842
EST:     CAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: CAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32936004|gb|CF040816.1|CF040816
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32923501|gb|CF028313.1|CF028313
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32923132|gb|CF027944.1|CF027944
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32868260|gb|CF007942.1|CF007942
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|6828017|gb|AW331660.1|AW331660
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|60397385|gb|DN230201.1|DN230201
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAATGAATGTGAAC
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAAC
EST: gi|4647186|gb|AI622261.1|AI622261
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|60350203|gb|DN217176.1|DN217176
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32923147|gb|CF027959.1|CF027959
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|149059482|gb|EE156966.2|EE156966
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|211261857|gb|FL408778.1|FL408778
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|148962666|gb|EE013565.2|EE013565
EST:     AGCAGTTTTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32923528|gb|CF028340.1|CF028340
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|78081605|gb|DV510017.1|DV510017
EST:     AGCAGTTCTATTTTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|67016733|gb|CO445482.1|CO445482
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32833586|gb|CD973264.1|CD973264
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32844476|gb|CD984157.1|CD984157
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGGGAATGGGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32868259|gb|CF007941.1|CF007941
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|211229233|gb|FL464290.1|FL464290
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGATAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
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genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
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EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
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EST: gi|148982783|gb|EE028612.2|EE028612
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32922276|gb|CF027088.1|CF027088
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32923568|gb|CF028380.1|CF028380
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|61118846|gb|DN559807.1|DN559807
EST:     ATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: ATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|148935241|gb|EC879278.2|EC879278
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|149097408|gb|EE183262.2|EE183262
EST:     AGCAGTTTTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|32923279|gb|CF028091.1|CF028091
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGCATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
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EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
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genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
EST: gi|149008574|gb|EE040752.2|EE040752
EST:     AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGG                         GCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG
genomic: AGCAGTTCTATATTTACAAAGAGGCCAGATATTATTTTTAAGTGGCTCGGgtaagtagct ... tattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagttatattttttgattgccaataagcctcactgtttgttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA
                          gcctcac  putative branch site (score: 3)
                                ctgtttgttctctt  CT-rich tract
     atattttttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgaatacttattgcaaaaatttctcatcttttgtggggtccttcgagttatattttttgattgccaataagcctcactgtttgttctcttattatgcagGCCCCATGGTAGTGATTGTGGTATAGTGAATGTGAACATACCTACTAATGGTGCTGAAATTGGTGGAGCATTTGGTGGAGAAAAAGCAACTGGTGGTGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
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