1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...tcaacagttatatgattaccaacttaattaatgtgctttcgactttatatgctatatgcacgatgtactgagctgggactcttttactttaattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAATCAGTTCCTTCACTTGGCAACCAGGGCAAGTCAGATAATGGAAGACCAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G119725_T02 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTTGGTCCATGGATNGGGTCTTGAC-TTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAS CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|148928292|gb|EE284900.2|EE284900
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|16927462|gb|BM080531.1|BM080531
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|60338690|gb|DN205663.1|DN205663
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: TGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|74234754|gb|DT642668.1|DT642668
genomic: TGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGTTCTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|71427884|gb|DR808934.1|DR808934
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|78073793|gb|DV502227.1|DV502227
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTTTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|74234755|gb|DT642669.1|DT642669
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAAEST: gi|149108357|gb|EE292695.2|EE292695
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
EST: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGTTCTTAGAAAATGTGTGGAG CCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
genomic: ACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAGgtattccctg ... aattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAA
tatatgctatatgcacgatgtactgagctgggactcttttactttaattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAATCAGTTCCTTCACTTGGCAACCAGGGCAAGTCAGATAATGGAAGACCAC
ctttaat putative branch site (score: 4)
tcttttactttaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaacagttatatgattaccaacttaattaatgtgctttcgactttatatgctatatgcacgatgtactgagctgggactcttttactttaattatacagCCGGCTCATGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTGTTCATCAATCAGTTCCTTCACTTGGCAACCAGGGCAAGTCAGATAATGGAAGACCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA