Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtggttatgcacgttttgccagagtcttgcgcagtatcttgatgccgtttcaccaccatagtgttcttgacatgccttgtttgtggttgcccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G096343_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G096343_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os02g57710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
---tgtggtta--tgcacgttttgccagagtcttgcgcagtatcttgatgccgtttcaccaccatagtgttcttgacatgccttgtttgtggttgcccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG
    |||   |  || |   | |  || |  |  | || | | | || ||  ||||     |  ||||     |||||| |  | ||  |     || |  | ||||||  | || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||| ||  | |
atacgtgaacaattgaaacatctaacaaaaccc-gtgcggcaacatgttggtgttttttacctgtagt----ctgacatactgtattcttttgccccttctttagGTCTTATGATCACGTATGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGTCATGGTCAACCAGCTCTTCTTTACATTGTGCCTTTTACGCTTG

upper sequence: GRMZM2G096343_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv02s0025g03400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
-----------------------------------------------------------------------------------------tgtggttatgcacgttttgccagagtcttg-cgcagtatcttgatgccgtttcaccac-catagtgttcttgacatgccttgttt---gtggttgcccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG
                                                                                          |   | |   |   ||| ||  ||| ||  | | | | | |       |||  |      | ||  | |||  | ||||  |||   ||  ||     |   |||||| || || ||||| || ||  ||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||| | |
gtaaagtagcaataattgaatcaacctttttccggttaataatataccaagtatatgattcattaacaaaggatagaagattagcagctggaaatgacataatatttcccgtagttttatcactggaccct----ttatttagctggattttgttcttttgtaacgcctcatttaacgtattttgaactggtagGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAACCGGCACTCCTATACATCGTGCCATTCACACTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24934365|gb|CA452583.1|CA452583
EST:     GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCG                         GTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
genomic: GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
EST: gi|76282121|gb|DV021689.1|DV021689
EST:     GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCG                         GTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCCTATGGATGGCCATGGCCAGC
genomic: GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
EST: gi|67041082|gb|CO467337.1|CO467337
EST:     GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCG                         GTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
genomic: GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
EST: gi|37376705|gb|CF624906.1|CF624906
EST:     GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCG                         GTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
genomic: GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
EST: gi|16921787|gb|BM075300.1|BM075300
EST:     GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCG                         GTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
genomic: GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
EST: gi|71422113|gb|DR805618.1|DR805618
EST:     GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCG                         GTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
genomic: GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
EST: gi|18163279|gb|BM333118.1|BM333118
EST:     GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCG                         GTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC
genomic: GACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 104

GTATGATTGGGCTGCCAAGAAGACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 193

GTATGATTGGGCTGCCAAGAAGACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 151

GTATGATTGGGCTGCCAAGAAGACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 165

GTATGATTGGGCTGCCAAGAAGACCTTGCAATCTGGCTACTTTTTGTGGTCAATGGTGGCATATGGTTCCGgtaatatgtc ... cccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccgtttcaccaccatagtgttcttgacatgccttgtttgtggttgcccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG
                    tcttgac  putative branch site (score: 165)
                                          ttgcccttctc  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtggttatgcacgttttgccagagtcttgcgcagtatcttgatgccgtttcaccaccatagtgttcttgacatgccttgtttgtggttgcccttctcagGTCTCCTAATTACATACGTTGCCTTGAACCTTATGGATGGCCATGGCCAGCCGGCTCTCCTTTACATCGTGCCTTTCACAATCG

- - - -atgcacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtggttg