1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtagaagaagatattgcctagtttgtttgagaaaaaataacgatctttatgatttctttacttggagttaatgaattttctttccttattagGATAAATCAAACAGACAAACAGATGAATGCTGTTCGTATACCAGCTCAAACCGAGAGAGCTGGGGAAGATGTTCTTCCTTGGGTGGAGCTAGTGATGGAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G092895_T01 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCATAACCTTACTGAGATGGACGGTAACACAGGAGAGTGTCATTTAGAG GATAAATCAAACAGACAAACAGATGAATGCTGTTCGTATACCAGCTCAAACEST: gi|67021426|gb|CO450175.1|CO450175
genomic: ACCATAACCTTACTGAGATGGACGGTAACACAGGAGAGTGTCATTTAGAGgtagaagaag ... tccttattagGATAAATCAAACAGACAAACAGATGAATGCTGTTCGTATACCAGCTCAAAC
EST: ACCATAACCTTACTGAGATGGACGGTAACACAGGAGAGTGTCATTTAGAG GATAAATCAAACAGACAAACAGATGAATGCTGTTCGTATACCAGCTCAAAC
genomic: ACCATAACCTTACTGAGATGGACGGTAACACAGGAGAGTGTCATTTAGAGgtagaagaag ... tccttattagGATAAATCAAACAGACAAACAGATGAATGCTGTTCGTATACCAGCTCAAAC
taacgatctttatgatttctttacttggagttaatgaattttctttccttattagGATAAATCAAACAGACAAACAGATGAATGCTGTTCGTATACCAGCTCAAACCGAGAGAGCTGGGGAAGATGTTCTTCCTTGGGTGGAGCTAGTGATGGAT
ttttctttccttatt CT-rich tract
ttaatgaattttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagaagaagatattgcctagtttgtttgagaaaaaataacgatctttatgatttctttacttggagttaatgaattttctttccttattagGATAAATCAAACAGACAAACAGATGAATGCTGTTCGTATACCAGCTCAAACCGAGAGAGCTGGGGAAGATGTTCTTCCTTGGGTGGAGCTAGTGATGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA